Parafin doku örneklerinin tek hücreli analizinde immünoprofilleme ve mekansal haritalama karakterizasyonu için çoklanmış barkodlama görüntü analizi

Aynı doku kesitinde birden fazla epitopu sırayla tespit eden oligonükleotidlerle antikor barkodlaması kullanan çoklanmış görüntüleme teknolojisi, tümör mikroçevresinin anlaşılmasını geliştiren tümör değerlendirmesi için etkili bir metodolojidir. Formalin sabit, parafin gömülü dokularda protein ekspresyonunun görselleştirilmesi, spesifik bir floroforun tamamlayıcı oligonükleotidler aracılığıyla antikora bağlı bir barkoda tavlanması ve daha sonra örnek görüntüleme yapılması ile elde edilir; Gerçekten de, bu yöntem, tek bir doku boyama reaksiyonunda 40'tan fazla antikorun özelleştirilebilir panellerinin kullanılmasına izin verir. Bu yöntem, taze dondurulmuş doku, formalin sabit, parafin gömülü doku, kültürlenmiş hücreler ve periferik kan mononükleer hücreleri ile uyumludur, bu da araştırmacıların bu teknolojiyi tek hücreli çözünürlükte çeşitli numune türlerini görüntülemek için kullanabilecekleri anlamına gelir. Bu yöntem manuel boyama ve sabitleme protokolü ile başlar ve tüm antikor barkodları bir antikor kokteyli kullanılarak uygulanır. Boyama akışkanları cihazı tamamen otomatiktir ve tüm biyobelirteçler standart bir floresan mikroskobu kullanılarak görüntülenene kadar spektral olarak farklı floroforları etiketleme, görüntüleme ve çıkarma yinelemeli döngülerini gerçekleştirir. Görüntüler daha sonra tüm belirteçler için tek hücreli çözünürlük elde etmek üzere tüm görüntüleme döngüleri boyunca toplanır ve derlenir. Tek adımlı boyama ve nazik florofor giderimi, sadece yüksek oranda çoğullanmış biyobelirteç analizine izin vermekle kalmaz, aynı zamanda istenirse ek çıkış yönü analizi için numuneyi korur (örneğin, hematoksilin ve eozin boyama). Ayrıca, görüntü analiz yazılımı, görüntü işleme-sürüklenme telafisi, arka plan çıkarma, hücre segmentasyonu ve kümelemenin yanı sıra uzamsal ağ haritalarının oluşturulması için görüntülerin ve hücre fenotiplerinin görselleştirilmesini ve analizini sağlar. Özetle, bu teknoloji, dokuya bağlı, oligonükleotid konjuge antikorlara tamamlayıcı olan floresan olarak etiketlenmiş DNA problarını yinelemeli olarak hibritize etmek, görüntülemek ve şeritlemek için bilgisayarlı bir mikroakışkan sistemi ve floresan mikroskobu kullanır.