Multiplex immunofluorescens kombineret med rumlig billedanalyse til klinisk og biologisk vurdering af tumormikromiljøet

Tumormikromiljøet (TME) består af en overflod af forskellige celletyper, såsom cytotoksiske immunceller og immunmodulerende celler. Afhængigt af dets sammensætning og interaktionerne mellem kræftceller og peritumorale celler kan TME påvirke kræftprogressionen. Karakteriseringen af tumorer og deres komplekse mikromiljø kan forbedre forståelsen af kræftsygdomme og kan hjælpe forskere og klinikere med at opdage nye biomarkører.

Vi har for nylig udviklet flere multiplex immunofluorescens (mIF) paneler baseret på tyramid signal amplifikation (TSA) til karakterisering af TME i kolorektal cancer, hoved og hals pladecellekarcinom, melanom og lungekræft. Når farvningen og scanningen af de tilsvarende paneler er afsluttet, analyseres prøverne på en billedanalysesoftware. Den rumlige position og farvningen af hver celle eksporteres derefter fra denne kvantificeringssoftware til R. Vi udviklede R-scripts, der giver os mulighed for ikke kun at analysere tætheden af hver celletype i flere tumorrum (f.eks. tumorens centrum, tumorens margen og stroma), men også at udføre afstandsbaserede analyser mellem forskellige celletyper.

Denne særlige arbejdsgang tilføjer en rumlig dimension til den klassiske tæthedsanalyse, der allerede rutinemæssigt udføres for flere markører. mIF-analyse kunne give forskere mulighed for at få en bedre forståelse af det komplekse samspil mellem kræftceller og TME og opdage nye prædiktive biomarkører for respons på behandlinger, såsom immuncheckpointhæmmere og målrettede terapier.