Analyse af transgenerationel epigenetisk arv i C. elegans ved hjælp af en fluorescerende reporter og kromatinimmunudfældning (ChIP)

Transgenerationel epigenetisk arv (TEI) tillader transmission af information gennem kimlinjen uden at ændre genomsekvensen gennem faktorer som ikke-kodende RNA'er og kromatinmodifikationer. Fænomenet RNA-interferens (RNAi) arv i nematoden Caenorhabditis elegans er en effektiv model til at undersøge TEI, der udnytter denne modelorganismes korte livscyklus, selvformering og gennemsigtighed. I RNAi-arv fører eksponering af dyr for RNAi til genhæmning og ændrede kromatinsignaturer på målstedet, der vedvarer i flere generationer i fravær af den oprindelige udløser. Denne protokol beskriver analysen af RNAi-arv i C. elegans ved hjælp af en kimlinje-udtrykt nukleært grønt fluorescerende protein (GFP) reporter. Reporterhæmning initieres ved at fodre dyrene med bakterier, der udtrykker dobbeltstrenget RNA rettet mod GFP. Ved hver generation passeres dyr for at opretholde synkroniseret udvikling, og reportergenhæmning bestemmes ved mikroskopi. Ved udvalgte generationer indsamles og behandles populationer til kromatinimmunudfældning (ChIP)-kvantitativ polymerasekædereaktion (qPCR) for at måle histonmodifikationsberigelse på GFP-reporterens locus. Denne protokol til undersøgelse af RNAi-arv kan let ændres og kombineres med andre analyser for yderligere at undersøge TEI-faktorer i små RNA- og kromatinveje.