Analyse van transgenerationele epigenetische overerving in C. elegans met behulp van een fluorescerende reporter en chromatine-immunoprecipitatie (ChIP)

Transgenerationele epigenetische overerving (TEI) maakt de overdracht van informatie door de kiembaan mogelijk zonder de genoomsequentie te veranderen, door factoren zoals niet-coderende RNA's en chromatinemodificaties. Het fenomeen van RNA-interferentie (RNAi) overerving in de nematode Caenorhabditis elegans is een effectief model om TEI te onderzoeken dat profiteert van de korte levenscyclus, zelfvoortplanting en transparantie van dit modelorganisme. Bij RNAi-overerving leidt blootstelling van dieren aan RNAi tot gen-uitschakeling en veranderde chromatinesignaturen op de doellocus die meerdere generaties aanhouden in afwezigheid van de initiële trigger. Dit protocol beschrijft de analyse van RNAi-overerving in C. elegans met behulp van een kiembaan-expressie nucleair groen fluorescerend eiwit (GFP) reporter. Reporter silencing wordt geïnitieerd door de dieren bacteriën te voeren die dubbelstrengs RNA tot expressie brengen dat gericht is op GFP. Bij elke generatie worden dieren gepasseerd om een gesynchroniseerde ontwikkeling te behouden, en de uitschakeling van reportergenen wordt bepaald door microscopie. Bij geselecteerde generaties worden populaties verzameld en verwerkt voor chromatine-immunoprecipitatie (ChIP)-kwantitatieve polymerasekettingreactie (qPCR) om histonmodificatieverrijking op de GFP-reporterlocus te meten. Dit protocol voor het bestuderen van RNAi-overerving kan eenvoudig worden aangepast en gecombineerd met andere analyses om TEI-factoren in kleine RNA- en chromatineroutes verder te onderzoeken.