Analisi dell'ereditarietà epigenetica transgenerazionale in C. elegans utilizzando un reporter fluorescente e l'immunoprecipitazione della cromatina (ChIP)

L'eredità epigenetica transgenerazionale (TEI) consente la trasmissione di informazioni attraverso la linea germinale senza modificare la sequenza del genoma, attraverso fattori come gli RNA non codificanti e le modificazioni della cromatina. Il fenomeno dell'ereditarietà dell'interferenza dell'RNA (RNAi) nel nematode Caenorhabditis elegans è un modello efficace per studiare la TEI che sfrutta il breve ciclo di vita, l'autopropagazione e la trasparenza di questo organismo modello. Nell'ereditarietà dell'RNAi, l'esposizione degli animali all'RNAi porta al silenziamento genico e all'alterazione delle firme della cromatina nel locus bersaglio che persistono per più generazioni in assenza dell'innesco iniziale. Questo protocollo descrive l'analisi dell'ereditarietà dell'RNAi in C. elegans utilizzando un reporter della proteina fluorescente verde nucleare (GFP) espressa dalla linea germinale. Il silenziamento del reporter viene avviato alimentando gli animali con batteri che esprimono RNA a doppio filamento che hanno come bersaglio la GFP. Ad ogni generazione, gli animali vengono sottoposti a uno sviluppo sincronizzato e il silenziamento del gene reporter viene determinato al microscopio. A generazioni selezionate, le popolazioni vengono raccolte e processate per l'immunoprecipitazione della cromatina (ChIP)-reazione a catena quantitativa della polimerasi (qPCR) per misurare l'arricchimento della modificazione istonica nel locus reporter della GFP. Questo protocollo per lo studio dell'ereditarietà dell'RNAi può essere facilmente modificato e combinato con altre analisi per indagare ulteriormente i fattori TEI nelle piccole vie dell'RNA e della cromatina.