線虫の世代間エピジェネティック遺伝の蛍光レポーターとクロマチン免疫沈降(ChIP)による解析

世代間エピジェネティック遺伝(TEI)は、ノンコーディングRNAやクロマチン修飾などの因子を介して、ゲノム配列を変更することなく、生殖細胞系を介して情報を伝達することを可能にします。線虫 Caenorhabditis elegans におけるRNA干渉(RNAi)遺伝の現象は、このモデル生物の短いライフサイクル、自己増殖、透明性を利用したTEIの研究に有効なモデルです。RNAi遺伝では、動物をRNAiに曝露すると、遺伝子サイレンシングと標的遺伝子座のクロマチンシグネチャーの変化が起こり、最初のトリガーがない場合に複数世代にわたって持続します。このプロトコルは生殖細胞系表現された核緑色蛍光蛋白質(GFP)のレポーターを使用して C.のelegansの RNAi遺伝の分析を記述する。レポーターサイレンシングは、GFPを標的とする二本鎖RNAを発現する細菌を動物に与えることによって開始されます。各世代では、動物は同期発生を維持するために継代され、レポーター遺伝子のサイレンシングは顕微鏡検査によって決定されます。特定の世代では、集団を収集および処理してクロマチン免疫沈降(ChIP)-定量的ポリメラーゼ連鎖反応(qPCR)を行い、GFPレポーター遺伝子座でのヒストン修飾濃縮を測定します。RNAi遺伝を調査するためのこのプロトコルは、他の分析と簡単に変更して組み合わせることができ、小さなRNAおよびクロマチン経路のTEI因子をさらに調査することができます。