Analyse av transgenerasjonell epigenetisk arv i C. elegans ved bruk av en fluorescerende reporter og kromatinimmunoprecipitasjon (ChIP)

Transgenerasjonell epigenetisk arv (TEI) tillater overføring av informasjon gjennom kimlinjen uten å endre genomsekvensen, gjennom faktorer som ikke-kodende RNA og kromatinmodifikasjoner. Fenomenet RNA-interferens (RNAi) arv i nematoden Caenorhabditis elegans er en effektiv modell for å undersøke TEI som utnytter denne modellorganismens korte livssyklus, selvutbredelse og gjennomsiktighet. I RNAi-arv fører eksponering av dyr for RNAi til genaktivering og endrede kromatinsignaturer ved målstedet som vedvarer i flere generasjoner i fravær av den første utløseren. Denne protokollen beskriver analysen av RNAi-arv i C. elegans ved hjelp av en germline-uttrykt kjernefysisk grønt fluorescerende protein (GFP) reporter. Reporter-silencing initieres ved å mate dyrene med bakterier som uttrykker dobbeltstrenget RNA rettet mot GFP. Ved hver generasjon passeres dyr for å opprettholde synkronisert utvikling, og reportergenaktivering bestemmes ved mikroskopi. Ved utvalgte generasjoner samles populasjoner og behandles for kromatinimmunoprecipitasjon (ChIP)-kvantitativ polymerasekjedereaksjon (qPCR) for å måle histonmodifikasjonsanrikning ved GFP-reporterlokuset. Denne protokollen for å studere RNAi-arv kan enkelt modifiseres og kombineres med andre analyser for å undersøke TEI-faktorer i små RNA- og kromatinveier.