Анализ трансгенерационного эпигенетического наследования C. elegans с использованием флуоресцентного репортера и хроматиновой иммунопреципитации (ChIP)

Трансгенерационное эпигенетическое наследование (TEI) позволяет передавать информацию через зародышевую линию без изменения последовательности генома с помощью таких факторов, как некодирующие РНК и модификации хроматина. Явление РНК-интерференционного наследования (РНК-интерференции) у нематоды Caenorhabditis elegans является эффективной моделью для исследования TEI, которая использует преимущества короткого жизненного цикла, самораспространения и прозрачности этого модельного организма. При наследовании РНК-интерференции воздействие на животных РНК-интерференции приводит к подавлению экспрессии генов и изменению сигнатур хроматина в целевом локусе, которые сохраняются в течение нескольких поколений при отсутствии первоначального триггера. Этот протокол описывает анализ наследования РНК-интерференции у C. elegans с использованием репортера с экспрессируемым зародышевой линией ядерным зеленым флуоресцентным белком (GFP). Сайленсинг репортеров инициируется кормлением животных бактериями, экспрессирующими двухцепочечную РНК, нацеленную на GFP. В каждом поколении животные пассажируют для поддержания синхронного развития, а сайленсинг репортерных генов определяется с помощью микроскопии. В отдельных поколениях популяции собирают и обрабатывают для иммунопреципитации хроматина (ChIP)-количественной полимеразной цепной реакции (кПЦР) для измерения обогащения модификацией гистонов в репортерном локусе GFP. Этот протокол изучения наследования РНК-интерференции может быть легко модифицирован и объединен с другими анализами для дальнейшего изучения факторов TEI в малых путях РНК и хроматина.