Análisis de la herencia epigenética transgeneracional en C. elegans mediante un reportero fluorescente e inmunoprecipitación de cromatina (ChIP)

La herencia epigenética transgeneracional (TEI) permite la transmisión de información a través de la línea germinal sin cambiar la secuencia del genoma, a través de factores como los ARN no codificantes y las modificaciones de la cromatina. El fenómeno de la herencia de ARN de interferencia (ARNi) en el nematodo Caenorhabditis elegans es un modelo eficaz para investigar TEI que aprovecha el corto ciclo de vida, la autopropagación y la transparencia de este organismo modelo. En la herencia de ARNi, la exposición de los animales al ARNi conduce al silenciamiento génico y a la alteración de las firmas de cromatina en el locus diana que persisten durante varias generaciones en ausencia del desencadenante inicial. Este protocolo describe el análisis de la herencia de ARNi en C. elegans utilizando un indicador de proteína fluorescente verde nuclear (GFP) expresado en la línea germinal. El silenciamiento del reportero se inicia alimentando a los animales con bacterias que expresan ARN bicatenario dirigido a GFP. En cada generación, los animales son conducidos para mantener un desarrollo sincronizado, y el silenciamiento del gen reportero se determina mediante microscopía. En generaciones seleccionadas, las poblaciones se recolectan y procesan para la inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) y la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR) para medir el enriquecimiento de la modificación de histonas en el locus reportero de GFP. Este protocolo para estudiar la herencia de ARNi puede modificarse fácilmente y combinarse con otros análisis para investigar más a fondo los factores TEI en las vías de ARN pequeño y cromatina.