Analys av transgenerationell epigenetisk nedärvning i C. elegans med hjälp av en fluorescerande reporter och kromatinimmunoprecipitation (ChIP)

Transgenerationell epigenetisk nedärvning (TEI) möjliggör överföring av information genom könscellerna utan att ändra genomsekvensen, genom faktorer som icke-kodande RNA och kromatinmodifieringar. Fenomenet RNA-interferens (RNAi) nedärvning i rundmasken Caenorhabditis elegans är en effektiv modell för att undersöka TEI som drar nytta av denna modellorganisms korta livscykel, självförökning och transparens. Vid RNAi-nedärvning leder exponering av djur för RNAi till nedtystning av gener och förändrade kromatinsignaturer på målplatsen som kvarstår i flera generationer i frånvaro av den initiala utlösaren. Detta protokoll beskriver analysen av RNAi-arv i C. elegans med hjälp av en germline-uttryckt nukleärt grönt fluorescerande protein (GFP) reporter. Rapportörens nedtystning initieras genom att djuren matas med bakterier som uttrycker dubbelsträngat RNA som riktar sig mot GFP. Vid varje generation passerar djuren för att upprätthålla en synkroniserad utveckling, och nedtystning av reportergenerna bestäms genom mikroskopi. Vid utvalda generationer samlas populationer in och bearbetas för kromatinimmunoprecipitering (ChIP)-kvantitativ polymeraskedjereaktion (qPCR) för att mäta anrikning av histonmodifiering vid GFP-reporterplatsen. Detta protokoll för att studera RNAi-arv kan enkelt modifieras och kombineras med andra analyser för att ytterligare undersöka TEI-faktorer i små RNA- och kromatinvägar.