Nesiller Arası Epigenetik Kalıtımın Analizi C. elegans Floresan Raportör ve Kromatin İmmünopresipitasyon (ChIP) Kullanılarak

Nesiller arası epigenetik kalıtım (TEI), kodlamayan RNA'lar ve kromatin modifikasyonları gibi faktörler aracılığıyla genom dizisini değiştirmeden germ hattı boyunca bilgi aktarımına izin verir. Nematod Caenorhabditis elegans'ta RNA interferansı (RNAi) kalıtımı olgusu, bu model organizmanın kısa yaşam döngüsünden, kendi kendine yayılmasından ve şeffaflığından yararlanan TEI'yi araştırmak için etkili bir modeldir. RNAi kalıtımında, hayvanların RNAi'ye maruz kalması, ilk tetikleyicinin yokluğunda birden fazla nesil boyunca devam eden hedef lokusta gen susturulmasına ve değişmiş kromatin imzalarına yol açar. Bu protokol, germ hattı ile eksprese edilen bir nükleer yeşil floresan protein (GFP) raportörü kullanılarak C. elegans'ta RNAi kalıtımının analizini açıklar. Muhabir susturma, GFP'yi hedefleyen çift sarmallı RNA eksprese eden bakterilerin hayvanlarla beslenmesiyle başlatılır. Her nesilde, senkronize gelişimi sürdürmek için hayvanlar geçirilir ve raportör gen susturma mikroskopi ile belirlenir. Seçilmiş nesillerde, GFP raportör lokusunda histon modifikasyon zenginleşmesini ölçmek için kromatin immünopresipitasyon (ChIP)-kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) için popülasyonlar toplanır ve işlenir. RNAi kalıtımını incelemek için bu protokol, küçük RNA ve kromatin yolaklarındaki TEI faktörlerini daha fazla araştırmak için kolayca değiştirilebilir ve diğer analizlerle birleştirilebilir.