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Este artigo descreve o uso de um software, mAbScale, para o cálculo de massas para a terapêutica proteica baseada em anticorpos monoclonais.
As massas bioterapêuticas são um meio de verificação de identidade e integridade estrutural. A espectrometria de massa (MS) de proteínas intactas ou subunidades proteicas fornece uma ferramenta analítica fácil para diferentes estágios do desenvolvimento biofarmacêutico. A identidade da proteína é confirmada quando a massa experimental de MS está dentro de uma faixa de erro de massa pré-definida da massa teórica. Embora existam várias ferramentas computacionais para o cálculo de pesos moleculares de proteínas e peptídeos, elas não foram projetadas para aplicação direta a entidades bioterapêuticas, têm limitações de acesso devido a licenças pagas ou exigem o upload de sequências de proteínas para servidores host.
Desenvolvemos uma rotina modular de cálculo de massa que permite a fácil determinação das massas médias ou monoisotópicas e composições elementares de glicoproteínas terapêuticas, incluindo anticorpos monoclonais (mAb), anticorpos biespecíficos (bsAb) e conjugados anticorpo-droga (ADC). A natureza modular desta estrutura de cálculo baseada em Python permitirá a extensão desta plataforma para outras modalidades, como vacinas, proteínas de fusão e oligonucleotídeos no futuro, e esta estrutura também pode ser útil para a interrogação de dados de espectrometria de massa de cima para baixo. Ao criar um aplicativo de desktop autônomo de código aberto com uma interface gráfica do usuário (GUI), esperamos superar as restrições em torno do uso em ambientes onde as informações proprietárias não podem ser carregadas em ferramentas baseadas na Web. Este artigo descreve os algoritmos e a aplicação dessa ferramenta, mAbScale, a diferentes modalidades terapêuticas baseadas em anticorpos.
Nas últimas duas décadas, os bioterapêuticos evoluíram para se tornarem um pilar da indústria farmacêutica moderna. A pandemia de SARS-CoV2 e outras condições com risco de vida aumentaram ainda mais a necessidade de desenvolvimento mais rápido e mais amplo de moléculas biofarmacêuticas 1,2,3.
O peso molecular bioterapêutico é crítico para a identificação da molécula, em combinação com outros ensaios analíticos. As massas intactas e reduzidas das subunidades são utilizadas ao longo dos ciclos de vida de descoberta e desenvolvim....
O fluxo de trabalho de alto nível para mAbScale é mostrado na Figura 2. Cada etapa tem ramificações de decisão internas mais sofisticadas, loops e combinatória. Um fluxo de trabalho algorítmico detalhado descrevendo o processo de cálculo é apresentado na Figura Suplementar 1. A saída do aplicativo é salva em um formato de planilha na pasta selecionada pelo usuário. O arquivo de saída consiste em várias planilhas separadas, que podem ser categorizadas como a ent.......
Uma variedade de mAbs foi selecionada para representar diferentes tipos de mAbs. Um padrão de mAb comercialmente disponível foi selecionado para representar um mAb convencional com cadeias pesadas idênticas, cadeias leves idênticas e um sítio de glicosilação N-ligado na região Fc. Um mAb com uma cadeia leve adicional N-glicosilação ligada, um mAb biespecífico e um mAb conjugado anticorpo-droga (ADC) também foram escolhidos para ampliar o uso da aplicação. A composição química, a massa calculada, a massa .......
O mAbScale fornece uma interface de usuário intuitiva com a flexibilidade de alterar os blocos de construção para cálculos elementares e de massa. Espera-se que os usuários tenham uma compreensão básica da molécula-alvo para usar a aplicação, derivar massas corretas e interpretar os resultados. Por exemplo, a folha de saída de massa intacta ou reduzida pode ser esmagadora devido às numerosas fileiras de massas intactas ou reduzidas, uma vez que o banco de dados de glicanos padrão contém 88 glicanos ligados .......
Este software está sendo lançado sob a licença Apache 2.0. Direitos autorais (2022) da GlaxoSmithKline Research &Development Limited. Todos os direitos reservados. Licenciado sob a Licença Apache, Versão 2.0 (a "Licença"); você não pode usar este arquivo, exceto em conformidade com a Licença. Você pode obter uma cópia da Licença em http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0. A menos que exigido pela lei aplicável ou acordado por escrito, o software distribuído sob a Licença é distribuído "no estado em que se encontra", sem garantias ou condições de qualquer tipo, expressas ou implícitas. Consulte a Licença para o idioma específico que rege as permissões e limitações sob a Licença. L.C. é funcionário da GlaxoSmithKline (GSK). T.H. e K.K. desenvolveram este software como funcionários da GSK e agora são associados da Merck e da Moderna, respectivamente.
Os autores agradecem a Robert Schuster pela ajuda na verificação dos dados.
....Name | Company | Catalog Number | Comments |
Acquity UPLC system | Waters Corp., Milford, MA | N/A | Modular system |
Antibody-drug conjugate (ADC) | GlaxoSmithKline | N/A | Proprietory molecule |
BEH 200 SEC column | Waters Corp., Milford, MA | 176003904 | |
Bispecific mAb | GlaxoSmithKline | N/A | Proprietory molecule |
Byos | Protein Metrics, Cupertino, CA | https://proteinmetrics.com/byos/ Version 4.5 | |
GPMAW | GPMAW | http://www.gpmaw.com/ | |
LC-MS grade water | Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA | W6-1 | |
mAb standard | Waters Corp., Milford, MA | 186009125 | Waters Humanized mAb Mass Check Standard |
mAbScale | GlaxoSmithKline | Apache License, Version 2.0 | |
Xevo G2 Q-TOF mass spectrometer | Waters Corp., Milford, MA | N/A | Modular system |
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