En integreret arbejdsgang til at studere den promotorcentrerede rumlige-temporale genomarkitektur i knappe cellepopulationer

Spatiotemporal gentranskription er tæt reguleret af distale regulatoriske elementer, såsom forstærkere og lyddæmpere, som er afhængige af fysisk nærhed med deres målgenpromotorer for at kontrollere transkription. Selvom disse regulatoriske elementer er lette at identificere, er deres målgener vanskelige at forudsige, da de fleste af dem er celletypespecifikke og kan adskilles af hundreder af kilobaser i den lineære genomsekvens og springe over andre ikke-målgener. I flere år har Promoter Capture Hi-C (PCHi-C) været guldstandarden for sammenhængen mellem distale regulatoriske elementer og deres målgener. PCHi-C er imidlertid afhængig af tilgængeligheden af millioner af celler, hvilket forbyder undersøgelse af sjældne cellepopulationer som dem, der almindeligvis opnås fra primære væv. For at overvinde denne begrænsning er der udviklet Low Input Capture Hi-C (liCHi-C), en omkostningseffektiv og tilpasselig metode til at identificere repertoiret af distale regulatoriske elementer, der styrer hvert gen i genomet. liCHi-C er afhængig af en lignende eksperimentel og beregningsmæssig ramme som PCHi-C, men ved at anvende minimale rørændringer, ændre reagenskoncentrationen og volumenerne og bytte eller eliminere trin tegner det sig for minimalt materialetab under bibliotekskonstruktion. Samlet set muliggør liCHi-C studiet af genregulering og spatiotemporal genomorganisation i forbindelse med udviklingsbiologi og cellulær funktion.