Ett integrerat arbetsflöde för att studera den promotorcentrerade spatio-temporala genomarkitekturen i knappa cellpopulationer

Spatiotemporal gentranskription regleras tätt av distala reglerande element, såsom förstärkare och ljuddämpare, som förlitar sig på fysisk närhet med sina målgenpromotorer för att kontrollera transkription. Även om dessa reglerande element är lätta att identifiera är deras målgener svåra att förutsäga, eftersom de flesta av dem är celltypspecifika och kan separeras av hundratals kilobaser i den linjära genomsekvensen och hoppa över andra icke-målgener. Under flera år har Promoter Capture Hi-C (PCHi-C) varit guldstandarden för associering av distala reglerande element till deras målgener. PCHi-C förlitar sig emellertid på tillgången på miljontals celler, vilket förbjuder studier av sällsynta cellpopulationer som de som vanligtvis erhålls från primära vävnader. För att övervinna denna begränsning har Capture Hi-C (liCHi-C), en kostnadseffektiv och anpassningsbar metod för att identifiera repertoaren av distala regulatoriska element som styr varje gen i genomet, utvecklats. liCHi-C bygger på ett liknande experimentellt och beräkningsmässigt ramverk som PCHi-C, men genom att använda minimala rörbyten, modifiera reagenskoncentrationen och volymerna och byta eller eliminera steg står det för minimal materialförlust under bibliotekskonstruktionen. Sammantaget möjliggör liCHi-C studier av genreglering och spatiotemporal genomorganisation i samband med utvecklingsbiologi och cellulär funktion.