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Abstract

Developmental Biology

从小鼠心脏祖细胞中分离细胞核,用于单细胞分辨率的表观基因组和基因表达谱分析

Published: May 12th, 2023

DOI:

10.3791/65328

1Center for Cardiovascular Disease & Nutrition, U1263, Aix-Marseille University, 2Marseille Medical Genetics, U1251, Aix-Marseille University

Abstract

发育中的心脏是一个复杂的结构,包含由复杂调节机制控制的各种祖细胞。检查单个细胞的基因表达和染色质状态可以识别细胞类型和状态。单细胞测序方法揭示了心脏祖细胞异质性的许多重要特征。然而,这些方法通常仅限于新鲜组织,这限制了具有不同实验条件的研究,因为必须在同一次运行中立即处理新鲜组织以减少技术可变性。因此,该领域需要简单灵活的程序来生成来自单核RNA测序(snRNA-seq)和转座酶可接近染色质的高通量测序(snATAC-seq)等方法的数据。在这里,我们提出了一种快速分离细胞核的协议,用于随后的单核双组学(组合snRNA-seq和snATAC-seq)。该方法允许从心脏祖细胞的冷冻样品中分离细胞核,并且可以与使用微流体室的平台结合使用。

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195 snRNA seq snATAC seq

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