Kerneisolering fra musehjertestamceller til epigenom og genekspressionsprofilering ved enkeltcelleopløsning

Det udviklende hjerte er en kompleks struktur, der indeholder forskellige stamceller styret af komplekse reguleringsmekanismer. Undersøgelsen af genekspression og kromatintilstand af individuelle celler muliggør identifikation af celletype og tilstand. Enkeltcellesekventeringsmetoder har afsløret en række vigtige egenskaber ved hjertestamcelleheterogenitet. Disse metoder er dog generelt begrænset til frisk væv, hvilket begrænser undersøgelser med forskellige eksperimentelle betingelser, da det friske væv skal behandles straks i samme serie for at reducere den tekniske variabilitet. Derfor er der behov for nemme og fleksible procedurer til fremstilling af data fra metoder såsom enkeltkerne-RNA-sekventering (snRNA-seq) og enkeltkerneassay for transposase-tilgængeligt kromatin med high-throughput sekventering (snATAC-seq) på dette område. Her præsenterer vi en protokol til hurtigt at isolere kerner til efterfølgende enkeltkerner dual-omics (kombineret snRNA-seq og snATAC-seq). Denne metode tillader isolering af kerner fra frosne prøver af hjertestamceller og kan kombineres med platforme, der bruger mikrofluidiske kamre.