Kernisolatie van hartvoorlopercellen van muizen voor epigenoom- en genexpressieprofilering met eencellige resolutie

Het zich ontwikkelende hart is een complexe structuur die verschillende voorlopercellen bevat die worden bestuurd door complexe regulerende mechanismen. Het onderzoek van de genexpressie en chromatinetoestand van individuele cellen maakt de identificatie van het celtype en de toestand mogelijk. Single-cell sequencing benaderingen hebben een aantal belangrijke kenmerken van cardiale voorlopercel heterogeniteit onthuld. Deze methoden zijn echter over het algemeen beperkt tot vers weefsel, wat studies met verschillende experimentele omstandigheden beperkt, omdat het verse weefsel in één keer in dezelfde run moet worden verwerkt om de technische variabiliteit te verminderen. Daarom zijn eenvoudige en flexibele procedures nodig om gegevens te produceren van methoden zoals single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) en de single-nucleus assay voor transposase-toegankelijk chromatine met high-throughput sequencing (snATAC-seq) in dit gebied. Hier presenteren we een protocol om kernen snel te isoleren voor volgende single-nuclei dual-omics (gecombineerde snRNA-seq en snATAC-seq). Deze methode maakt de isolatie van kernen uit bevroren monsters van cardiale voorlopercellen mogelijk en kan worden gecombineerd met platforms die microfluïdische kamers gebruiken.