Kjerneisolering fra musens hjerteprogenitorceller for epigenom og genuttrykksprofilering ved enkeltcelleoppløsning

Det utviklende hjertet er en kompleks struktur som inneholder forskjellige stamceller styrt av komplekse reguleringsmekanismer. Undersøkelsen av genuttrykket og kromatintilstanden til individuelle celler tillater identifisering av celletype og tilstand. Enkeltcellesekvenseringstilnærminger har avslørt en rekke viktige egenskaper ved hjerteprogenitorcelleheterogenitet. Imidlertid er disse metodene generelt begrenset til ferskt vev, noe som begrenser studier med ulike eksperimentelle forhold, da det ferske vevet må behandles samtidig i samme kjøring for å redusere den tekniske variabiliteten. Derfor er det nødvendig med enkle og fleksible prosedyrer for å produsere data fra metoder som enkeltkjerne RNA-sekvensering (snRNA-seq) og enkeltkjerneanalysen for transposase-tilgjengelig kromatin med høy gjennomstrømningssekvensering (snATAC-seq) i dette området. Her presenterer vi en protokoll for raskt å isolere kjerner for påfølgende enkeltkjerner dual-omics (kombinert snRNA-seq og snATAC-seq). Denne metoden tillater isolering av kjerner fra frosne prøver av hjerteprogenitorceller og kan kombineres med plattformer som bruker mikrofluidiske kamre.