Kärnisolering från mushjärtstamceller för epigenom- och genuttrycksprofilering vid encellsupplösning

Det utvecklande hjärtat är en komplex struktur som innehåller olika stamceller som styrs av komplexa regleringsmekanismer. Undersökningen av genuttrycket och kromatintillståndet hos enskilda celler möjliggör identifiering av celltyp och tillstånd. Encellssekvenseringsmetoder har avslöjat ett antal viktiga egenskaper hos hjärtprogenitorcellheterogenitet. Dessa metoder är dock i allmänhet begränsade till färsk vävnad, vilket begränsar studier med olika experimentella betingelser, eftersom den färska vävnaden måste bearbetas omedelbart i samma omgång för att minska den tekniska variationen. Därför behövs enkla och flexibla procedurer för att producera data från metoder som single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) och single-nucleus assay för transposas-tillgängligt kromatin med high-throughput sekvensering (snATAC-seq) inom detta område. Här presenterar vi ett protokoll för att snabbt isolera kärnor för efterföljande single-nuclei dual-omics (kombinerad snRNA-seq och snATAC-seq). Denna metod möjliggör isolering av kärnor från frysta prover av hjärtstamceller och kan kombineras med plattformar som använder mikrofluidiska kamrar.