Epigenom ve Tek Hücre Çözünürlüğünde Gen Ekspresyon Profillemesi için Fare Kardiyak Progenitör Hücrelerinden Çekirdek İzolasyonu

Gelişmekte olan kalp, karmaşık düzenleyici mekanizmalar tarafından kontrol edilen çeşitli progenitör hücreleri içeren karmaşık bir yapıdır. Tek tek hücrelerin gen ekspresyonunun ve kromatin durumunun incelenmesi, hücre tipinin ve durumunun tanımlanmasını sağlar. Tek hücreli dizileme yaklaşımları, kardiyak progenitör hücre heterojenitesinin bir dizi önemli özelliğini ortaya koymuştur. Bununla birlikte, bu yöntemler genellikle taze doku ile sınırlıdır, bu da farklı deneysel koşullara sahip çalışmaları sınırlar, çünkü taze dokunun teknik değişkenliği azaltmak için aynı anda işlenmesi gerekir. Bu nedenle, bu alanda tek çekirdekli RNA dizilimi (snRNA-seq) ve yüksek verimli dizileme (snATAC-seq) ile transpozaz erişilebilir kromatin için tek çekirdekli test gibi yöntemlerden veri üretmek için kolay ve esnek prosedürlere ihtiyaç vardır. Burada, sonraki tek çekirdekli dual-omikler (kombine snRNA-seq ve snATAC-seq) için çekirdekleri hızlı bir şekilde izole etmek için bir protokol sunuyoruz. Bu yöntem, çekirdeklerin kardiyak progenitör hücrelerin dondurulmuş örneklerinden izole edilmesine izin verir ve mikroakışkan odalar kullanan platformlarla birleştirilebilir.