体外研究双-3-氯哌啶对G-四链体DNA结构的化学定位

G-四链体 （G4s） 是生物学相关的非典型 DNA 结构，在基因表达和疾病中起重要作用，代表重要的治疗靶点。在潜在的 G 四链体形成序列 （PQS） 中对 DNA 进行 体外 表征需要可用的方法。B-CeP是一类烷化剂，已被证明是研究核酸高级结构的有用化学探针。本文描述了一种新的化学定位分析方法，利用 B-CePs 与鸟嘌呤 N7 的特异性反应性，然后在烷基化 Gs 处直接链裂解。

也就是说，为了区分 G4 折叠和未折叠的 DNA 形式，我们使用 B-CeP 1 探测凝血酶结合适配体 （TBA），这是一种能够承担 G4 排列的 15 聚体 DNA。B-CeP 响应鸟嘌呤与 B-CeP 1 的反应产生的产物可以通过高分辨率聚丙烯酰胺凝胶电泳 （PAGE） 在单核苷酸水平上解析，方法是在烷基化鸟嘌呤上定位单个烷基化加合物和 DNA 链切割。使用 B-CePs 进行定位是一种简单而强大的工具，用于体 外 表征 G-四链体形成的 DNA 序列，能够精确定位参与 G-四链体形成的鸟嘌呤。