In vitro Kemisk kortlægning af G-quadruplex DNA-strukturer af bis-3-chloropiperidiner

G-quadruplexes (G4s) er biologisk relevante, ikke-kanoniske DNA-strukturer, der spiller en vigtig rolle i genekspression og sygdomme, der repræsenterer betydelige terapeutiske mål. Tilgængelige metoder er nødvendige til in vitro karakterisering af DNA inden for potentielle G-quadruplex-dannende sekvenser (PQS'er). B-CeP'er er en klasse af alkyleringsmidler, der har vist sig at være nyttige kemiske sonder til undersøgelse af nukleinsyrers højere ordens struktur. Dette papir beskriver et nyt kemisk kortlægningsassay, der udnytter den specifikke reaktivitet af B-CeP'er med N7 af guaniner, efterfulgt af direkte strengspaltning ved de alkylerede Gs.

For at skelne G4-folder fra udfoldede DNA-former bruger vi nemlig B-CeP 1 til at sonde trombinbindende aptamer (TBA), et 15-mer DNA, der er i stand til at antage G4-arrangementet. Reaktion af B-CeP-responderende guaniner med B-CeP 1 giver produkter, der kan opløses ved polyacrylamidgelelektroforese (PAGE) med høj opløsning på et enkeltnukleotidniveau ved at lokalisere individuelle alkyleringsaddukter og DNA-strengspaltning ved de alkylerede guaniner. Kortlægning ved hjælp af B-CeP'er er et simpelt og kraftfuldt værktøj til in vitro-karakterisering af G-quadruplex-dannende DNA-sekvenser, der muliggør den præcise placering af guaniner involveret i dannelsen af G-tetrader.