A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Abstract
Biochemistry
G-quadruplexen (G4's) zijn biologisch relevante, niet-canonieke DNA-structuren die een belangrijke rol spelen bij genexpressie en ziekten en belangrijke therapeutische doelen vertegenwoordigen. Toegankelijke methoden zijn vereist voor de in vitro karakterisering van DNA binnen potentiële G-quadruplexvormende sequenties (PQS's). B-CeP's zijn een klasse van alkylerende middelen die hebben bewezen nuttige chemische sondes te zijn voor onderzoek naar de hogere-orde structuur van nucleïnezuren. Dit artikel beschrijft een nieuwe chemische mapping-test die gebruik maakt van de specifieke reactiviteit van B-CeP's met de N7van guanines, gevolgd door directe strengsplitsing bij de gealkyleerde G's.
Namelijk, om G4-vouwen te onderscheiden van ongevouwen DNA-vormen, gebruiken we B-CeP 1 om het trombinebindende aptameer (TBA) te onderzoeken, een 15-mer DNA dat in staat is om de G4-rangschikking aan te nemen. Reactie van B-CeP-reagerende guanines met B-CeP 1 levert producten op die kunnen worden opgelost door polyacrylamidegelelektroforese met hoge resolutie (PAGE) op het niveau van één nucleotide door individuele alkyleringsadducten en DNA-strengsplitsing bij de gealkyleerde guanines te lokaliseren. Het in kaart brengen met behulp van B-CeP's is een eenvoudig en krachtig hulpmiddel voor de in vitro karakterisering van G-quadruplex-vormende DNA-sequenties, waardoor de precieze locatie van guanines die betrokken zijn bij de vorming van G-tetrads mogelijk wordt.
Explore More Videos
ABOUT JoVE
Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved