In vitro Kjemisk kartlegging av G-quadruplex DNA-strukturer av Bis-3-kloropiperidiner

G-quadruplexes (G4s) er biologisk relevante, ikke-kanoniske DNA-strukturer som spiller en viktig rolle i genuttrykk og sykdommer, som representerer betydelige terapeutiske mål. Tilgjengelige metoder er nødvendige for in vitro-karakterisering av DNA innenfor potensielle G-quadruplex-formende sekvenser (PQS). B-CePs er en klasse av alkyleringsmidler som har vist seg å være nyttige kjemiske prober for undersøkelse av høyere ordens struktur av nukleinsyrer. Dette papiret beskriver en ny kjemisk kartleggingsanalyse som utnytter den spesifikke reaktiviteten til B-CePs med N7 av guaniner, etterfulgt av direkte strengspaltning ved de alkylerte Gs.

For å skille G4-folder fra utfoldede DNA-former, bruker vi B-CeP 1 til å undersøke trombinbindende aptamer (TBA), et 15-mer DNA som er i stand til å anta G4-arrangementet. Reaksjon av B-CeP-responderende guaniner med B-CeP 1 gir produkter som kan løses ved høyoppløselig polyakrylamidgelelektroforese (PAGE) på et enkeltnukleotidnivå ved å lokalisere individuelle alkyleringsaddukter og DNA-strengspaltning ved de alkylerte guaninene. Kartlegging ved hjelp av B-CePs er et enkelt og kraftig verktøy for in vitro-karakterisering av G-quadruplex-dannende DNA-sekvenser, noe som muliggjør den nøyaktige plasseringen av guaniner involvert i dannelsen av G-tetrads.