使用纳米孔技术快速表征狂犬病病毒的全基因组测序

基因组数据可用于追踪传染病的传播和地理传播。然而，在许多低收入和中等收入国家，基因组监测所需的测序能力仍然有限，在这些国家，狗介导的狂犬病和/或由吸血蝙蝠等野生动物传播的狂犬病构成了重大的公共卫生和经济问题。我们在这里介绍一种使用纳米孔技术的快速且经济实惠的从样品到序列再到解释的工作流程。简要介绍了狂犬病的样本采集和诊断方案，然后详细介绍了优化的全基因组测序工作流程，包括多重聚合酶链反应 （PCR） 的引物设计和优化、改良的低成本测序文库制备、活体和离线碱基检出测序、遗传谱系指定和系统发育分析。演示了工作流程的实施，并强调了本地部署的关键步骤，例如管道验证、引物优化、纳入阴性对照，以及使用公开可用的数据和基因组工具（GLUE、MADDOG）在区域和全球系统发育中进行分类和定位。工作流程的周转时间为 2-3 天，成本从 96 次样品运行的每个样品 25 美元到 12 次样品运行的每个样品 80 美元不等。我们的结论是，在中低收入国家建立狂犬病病毒基因组监测是可行的，可以支持实现到2030年实现零狗介导的人类狂犬病死亡的全球目标，并加强对野生动物狂犬病传播的监测。此外，该平台可以适用于其他病原体，有助于建立多功能基因组能力，有助于流行病和大流行的准备。