Sequencing van het hele genoom voor snelle karakterisering van het rabiësvirus met behulp van nanoporietechnologie

Genomische gegevens kunnen worden gebruikt om de overdracht en geografische verspreiding van infectieziekten te volgen. De sequencingcapaciteit die nodig is voor genomische surveillance blijft echter beperkt in veel lage- en middeninkomenslanden (LMIC's), waar hondsdolheid en/of hondsdolheid die wordt overgedragen door dieren in het wild, zoals vampiervleermuizen, grote zorgen voor de volksgezondheid en de economie vormen. We presenteren hier een snelle en betaalbare sample-to-sequence-to-interpretation workflow met behulp van nanopore-technologie. Protocollen voor monsterafname en de diagnose van rabiës worden kort beschreven, gevolgd door details van de geoptimaliseerde sequencing-workflow voor het hele genoom, inclusief primerontwerp en optimalisatie voor multiplex polymerasekettingreactie (PCR), een aangepaste, goedkope sequencing-bibliotheekvoorbereiding, sequencing met live en offline base-calling, genetische afstammingsaanduiding en fylogenetische analyse. De implementatie van de workflow wordt gedemonstreerd en kritieke stappen voor lokale implementatie worden benadrukt, zoals pijplijnvalidatie, primeroptimalisatie, opname van negatieve controles en het gebruik van openbaar beschikbare gegevens en genomische tools (GLUE, MADDOG) voor classificatie en plaatsing binnen regionale en wereldwijde fylogenieën. De doorlooptijd voor de workflow is 2-3 dagen en de kosten variëren van $ 25 per monster voor een run van 96 samples tot $ 80 per sample voor een run van 12 samples. We concluderen dat het opzetten van genomische surveillance van het rabiësvirus in LMIC's haalbaar is en de vooruitgang kan ondersteunen in de richting van het wereldwijde doel van nul door honden gemedieerde sterfgevallen door hondsdolheid bij mensen tegen 2030, evenals verbeterde monitoring van de verspreiding van rabiës in het wild. Bovendien kan het platform worden aangepast voor andere ziekteverwekkers, waardoor een veelzijdige genomische capaciteit kan worden opgebouwd die bijdraagt aan de paraatheid bij epidemieën en pandemieën.