Séquençage du génome entier pour la caractérisation rapide du virus de la rage à l’aide de la technologie des nanopores

Les données génomiques peuvent être utilisées pour suivre la transmission et la propagation géographique des maladies infectieuses. Cependant, la capacité de séquençage requise pour la surveillance génomique reste limitée dans de nombreux pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI), où la rage transmise par les chiens et/ou la rage par des animaux sauvages tels que les chauves-souris vampires posent des problèmes de santé publique et économiques majeurs. Nous présentons ici un flux de travail rapide et abordable de l’échantillon, de la séquence à l’interprétation utilisant la technologie nanopore. Les protocoles de collecte d’échantillons et de diagnostic de la rage sont brièvement décrits, suivis de détails sur le flux de travail optimisé du séquençage du génome entier, y compris la conception et l’optimisation de l’amorce pour la réaction en chaîne par polymérase (PCR) multiplexe, la préparation d’une bibliothèque de séquençage modifiée et peu coûteuse, le séquençage avec appel de base en direct et hors ligne, la désignation de lignées génétiques et l’analyse phylogénétique. La mise en œuvre du flux de travail est démontrée et les étapes critiques sont mises en évidence pour le déploiement local, telles que la validation du pipeline, l’optimisation de l’amorce, l’inclusion de contrôles négatifs et l’utilisation de données et d’outils génomiques accessibles au public (GLUE, MADDOG) pour la classification et le placement dans les phylogénies régionales et mondiales. Le délai d’exécution du flux de travail est de 2 à 3 jours et le coût varie de 25 $ par échantillon pour un cycle de 96 échantillons à 80 $ par échantillon pour un cycle de 12 échantillons. Nous concluons que la mise en place d’une surveillance génomique du virus de la rage dans les PRFI est réalisable et peut contribuer à l’atteinte de l’objectif mondial de zéro décès humain dus à la rage chez l’homme d’ici 2030, ainsi qu’à une surveillance accrue de la propagation de la rage chez les animaux sauvages. De plus, la plateforme peut être adaptée à d’autres agents pathogènes, ce qui permet de construire une capacité génomique polyvalente qui contribue à la préparation aux épidémies et aux pandémies.