ריצוף גנום שלם לאפיון מהיר של נגיף הכלבת בטכנולוגיית ננופור

ניתן להשתמש בנתונים גנומיים כדי לעקוב אחר העברה והתפשטות גיאוגרפית של מחלות זיהומיות. עם זאת, יכולת הריצוף הנדרשת למעקב גנומי נותרה מוגבלת במדינות רבות בעלות הכנסה נמוכה ובינונית (LMICs), שבהן כלבת בתיווך כלבים ו / או כלבת המועברות על ידי חיות בר כגון עטלפי ערפדים מציבות חששות גדולים לבריאות הציבור ולכלכלה. אנו מציגים כאן תהליך עבודה מהיר ומשתלם של דגימה לרצף לפרשנות באמצעות טכנולוגיית ננו-נקבוביות. פרוטוקולים לאיסוף דגימות ואבחון כלבת מתוארים בקצרה, ולאחר מכן פרטים על זרימת העבודה הממוטבת של ריצוף גנום שלם, כולל תכנון פריימר ואופטימיזציה עבור תגובת שרשרת פולימראז מרובת (PCR), הכנת ספריית ריצוף שונה בעלות נמוכה, ריצוף עם קריאות בסיס חיות ולא מקוונות, ייעוד שושלת גנטית וניתוח פילוגנטי. יישום זרימת העבודה מודגם, ושלבים קריטיים מודגשים לפריסה מקומית, כגון אימות צינורות, אופטימיזציה של פריימר, הכללת בקרות שליליות ושימוש בנתונים ובכלים גנומיים הזמינים לציבור (GLUE, MADDOG) לסיווג ומיקום בתוך פילוגניות אזוריות וגלובליות. זמן האספקה עבור זרימת העבודה הוא 2-3 ימים, והעלות נעה בין $25 לדגימה עבור הפעלת מדגם 96 ל- $80 לדגימה עבור ריצה של 12 מדגם. אנו מסיקים כי הגדרת מעקב גנומי אחר נגיף הכלבת ב- LMICs היא אפשרית ויכולה לתמוך בהתקדמות לקראת היעד העולמי של אפס מקרי מוות של כלבת אנושית בתיווך כלבים עד 2030, כמו גם ניטור משופר של התפשטות כלבת חיות בר. יתר על כן, ניתן להתאים את הפלטפורמה לפתוגנים אחרים, ולסייע בבניית יכולת גנומית רב-תכליתית התורמת להיערכות למגיפות ולמגפות.