Sequenziamento dell'intero genoma per una rapida caratterizzazione del virus della rabbia utilizzando la tecnologia Nanopore

I dati genomici possono essere utilizzati per tracciare la trasmissione e la diffusione geografica delle malattie infettive. Tuttavia, la capacità di sequenziamento richiesta per la sorveglianza genomica rimane limitata in molti paesi a basso e medio reddito (LMIC), dove la rabbia mediata dai cani e/o la rabbia trasmessa da animali selvatici come i pipistrelli vampiro pongono gravi preoccupazioni per la salute pubblica e l'economia. Presentiamo qui un flusso di lavoro rapido e conveniente dal campione alla sequenza all'interpretazione utilizzando la tecnologia dei nanopori. Vengono brevemente descritti i protocolli per la raccolta dei campioni e la diagnosi della rabbia, seguiti dai dettagli del flusso di lavoro ottimizzato per il sequenziamento dell'intero genoma, tra cui la progettazione e l'ottimizzazione del primer per la reazione a catena della polimerasi multiplex (PCR), una preparazione modificata e a basso costo della libreria di sequenziamento, il sequenziamento con chiamata di base dal vivo e offline, la designazione del lignaggio genetico e l'analisi filogenetica. Viene dimostrata l'implementazione del flusso di lavoro e vengono evidenziati i passaggi critici per l'implementazione locale, come la convalida della pipeline, l'ottimizzazione del primer, l'inclusione di controlli negativi e l'uso di dati disponibili pubblicamente e strumenti genomici (GLUE, MADDOG) per la classificazione e il posizionamento all'interno di filogenesi regionali e globali. Il tempo di consegna per il flusso di lavoro è di 2-3 giorni e il costo varia da $ 25 per campione per un'esecuzione di 96 campioni a $ 80 per campione per un'esecuzione di 12 campioni. Concludiamo che l'istituzione di una sorveglianza genomica del virus della rabbia nei paesi a basso e medio reddito è fattibile e può supportare i progressi verso l'obiettivo globale di zero decessi per rabbia umana mediata dai cani entro il 2030, nonché un migliore monitoraggio della diffusione della rabbia nella fauna selvatica. Inoltre, la piattaforma può essere adattata ad altri agenti patogeni, contribuendo a costruire una capacità genomica versatile che contribuisce alla preparazione alle epidemie e alle pandemie.