나노포어 기술을 사용한 광견병 바이러스의 신속한 특성 분석을 위한 전체 게놈 염기서열 분석

게놈 데이터는 전염병의 전염 및 지리적 확산을 추적하는 데 사용할 수 있습니다. 그러나 개 매개 광견병 및/또는 흡혈박쥐와 같은 야생 동물에 의해 전염되는 광견병이 주요 공중 보건 및 경제적 문제를 제기하는 많은 저소득 및 중간 소득 국가(LMIC)에서는 게놈 감시에 필요한 염기서열 분석 능력이 여전히 제한적입니다. 여기서는 나노기공 기술을 사용하여 빠르고 저렴한 샘플-시퀀스-해석 워크플로우를 제시합니다. 시료 채취 및 광견병 진단을 위한 프로토콜에 대해 간략하게 설명한 후 다중 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 위한 프라이머 설계 및 최적화, 수정된 저비용 염기서열 분석 라이브러리 준비, 실시간 및 오프라인 염기 서열 분석을 통한 염기서열 분석, 유전자 계통 지정 및 계통 발생 분석을 포함한 최적화된 전체 게놈 염기서열 분석 워크플로우에 대한 세부 정보가 뒤따릅니다. 워크플로우의 구현이 시연되며, 파이프라인 검증, 프라이머 최적화, 음성 대조군 포함, 지역 및 글로벌 계통 발생 내 분류 및 배치를 위한 공개적으로 사용 가능한 데이터 및 게놈 도구(GLUE, MADDOG) 사용과 같은 로컬 배포를 위한 중요한 단계가 강조됩니다. 워크플로우의 소요 시간은 2-3일이며 비용은 96개 샘플 실행의 경우 샘플당 $25에서 12개 샘플 실행의 경우 샘플당 $80입니다. 우리는 중저소득국에서 광견병 바이러스 게놈 감시를 설정하는 것이 실현 가능하며, 2030년까지 개 매개 인간 광견병 사망자 제로라는 글로벌 목표를 향한 진전을 지원할 수 있을 뿐만 아니라 야생 광견병 확산에 대한 모니터링을 강화할 수 있다고 결론지었습니다. 또한 이 플랫폼은 다른 병원체에 적용할 수 있어 전염병 및 팬데믹 대비에 기여하는 다재다능한 게놈 역량을 구축하는 데 도움이 됩니다.