Sequenciamento do Genoma Completo para Caracterização Rápida do Vírus Rábico Utilizando Tecnologia de Nanoporos

Os dados genômicos podem ser usados para rastrear a transmissão e a disseminação geográfica de doenças infecciosas. No entanto, a capacidade de sequenciamento necessária para a vigilância genômica permanece limitada em muitos países de baixa e média renda (PBMRs), onde a raiva mediada por cães e/ou a raiva transmitida por animais selvagens, como morcegos hematófagos, representam grandes preocupações econômicas e de saúde pública. Apresentamos aqui um fluxo de trabalho rápido e acessível de amostra para sequência para interpretação usando a tecnologia de nanoporos. Os protocolos para coleta de amostras e diagnóstico de raiva são brevemente descritos, seguidos por detalhes do fluxo de trabalho otimizado de sequenciamento do genoma inteiro, incluindo o projeto e a otimização de primers para reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex, preparação de uma biblioteca de sequenciamento modificada e de baixo custo, sequenciamento com chamada de base ao vivo e off-line, designação de linhagem genética e análise filogenética. A implementação do fluxo de trabalho é demonstrada, e etapas críticas são destacadas para a implantação local, como validação de pipeline, otimização de primer, inclusão de controles negativos e o uso de dados publicamente disponíveis e ferramentas genômicas (GLUE, MADDOG) para classificação e colocação dentro de filogenias regionais e globais. O tempo de resposta para o fluxo de trabalho é de 2 a 3 dias, e o custo varia de US$ 25 por amostra para uma execução de 96 amostras a US$ 80 por amostra para uma execução de 12 amostras. Concluímos que a criação de vigilância genômica do vírus da raiva em PBMRs é viável e pode apoiar o progresso em direção à meta global de zero mortes por raiva humana mediadas por cães até 2030, bem como um monitoramento aprimorado da disseminação da raiva na vida selvagem. Além disso, a plataforma pode ser adaptada para outros patógenos, ajudando a construir uma capacidade genômica versátil que contribui para a preparação para epidemias e pandemias.