Secuenciación del genoma completo para la caracterización rápida del virus de la rabia mediante tecnología de nanoporos

Los datos genómicos se pueden utilizar para rastrear la transmisión y la propagación geográfica de enfermedades infecciosas. Sin embargo, la capacidad de secuenciación necesaria para la vigilancia genómica sigue siendo limitada en muchos países de ingresos bajos y medianos, donde la rabia transmitida por perros y/o la rabia transmitida por animales silvestres, como los murciélagos vampiros, plantea importantes problemas económicos y de salud pública. Presentamos aquí un flujo de trabajo rápido y asequible de muestra, secuencia e interpretación utilizando la tecnología de nanoporos. Se describen brevemente los protocolos para la recolección de muestras y el diagnóstico de la rabia, seguidos de detalles del flujo de trabajo optimizado de secuenciación del genoma completo, incluido el diseño del cebador y la optimización para la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) multiplex, una preparación de biblioteca de secuenciación modificada y de bajo costo, secuenciación con llamada de base en vivo y fuera de línea, designación de linaje genético y análisis filogenético. Se demuestra la implementación del flujo de trabajo y se destacan los pasos críticos para la implementación local, como la validación de la canalización, la optimización del cebador, la inclusión de controles negativos y el uso de datos disponibles públicamente y herramientas genómicas (GLUE, MADDOG) para la clasificación y ubicación dentro de las filogenias regionales y globales. El tiempo de respuesta para el flujo de trabajo es de 2 a 3 días y el costo oscila entre $25 por muestra para una tirada de 96 muestras y $80 por muestra para una tirada de 12 muestras. Llegamos a la conclusión de que el establecimiento de la vigilancia genómica del virus de la rabia en los países de ingresos bajos y medianos es factible y puede respaldar el progreso hacia el objetivo mundial de cero muertes humanas por rabia transmitidas por perros para 2030, así como un mejor monitoreo de la propagación de la rabia en la vida silvestre. Además, la plataforma se puede adaptar a otros patógenos, lo que ayuda a desarrollar una capacidad genómica versátil que contribuye a la preparación para epidemias y pandemias.