Nanopor Teknolojisi Kullanılarak Kuduz Virüsünün Hızlı Karakterizasyonu için Tüm Genom Dizilimi

Genomik veriler, bulaşıcı hastalıkların bulaşmasını ve coğrafi yayılımını izlemek için kullanılabilir. Bununla birlikte, genomik sürveyans için gereken dizileme kapasitesi, köpek aracılı kuduzun ve/veya vampir yarasalar gibi vahşi yaşam yoluyla bulaşan kuduzun önemli halk sağlığı ve ekonomik kaygılar oluşturduğu birçok düşük ve orta gelirli ülkede (LMIC'ler) sınırlı kalmaktadır. Burada, nanopor teknolojisini kullanarak numuneden diziye ve yorumlamaya hızlı ve uygun maliyetli bir iş akışı sunuyoruz. Numune toplama ve kuduz teşhisi için protokoller kısaca açıklanır, ardından multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) için primer tasarımı ve optimizasyonu, modifiye edilmiş, düşük maliyetli bir dizileme kütüphanesi hazırlığı, canlı ve çevrimdışı baz çağrısı ile dizileme, genetik soy ataması ve filogenetik analiz dahil olmak üzere optimize edilmiş tüm genom dizileme iş akışının ayrıntıları gelir. İş akışının uygulanması gösterilir ve boru hattı doğrulaması, primer optimizasyonu, negatif kontrollerin dahil edilmesi ve bölgesel ve küresel filogenilerde sınıflandırma ve yerleştirme için halka açık verilerin ve genomik araçların (GLUE, MADDOG) kullanımı gibi yerel dağıtım için kritik adımlar vurgulanır. İş akışının geri dönüş süresi 2-3 gündür ve maliyet, 96 örnek çalıştırma için örnek başına 25 ABD Doları ile 12 örnek çalıştırma için örnek başına 80 ABD Doları arasında değişir. LMIC'lerde kuduz virüsü genomik sürveyansının kurulmasının uygulanabilir olduğu ve 2030 yılına kadar köpek aracılı insan kuduz ölümlerinin küresel hedefine doğru ilerlemeyi destekleyebileceği ve ayrıca yaban hayatı kuduzunun yayılmasının daha iyi izlenmesini destekleyebileceği sonucuna vardık. Ayrıca platform, diğer patojenler için uyarlanabilir ve salgın ve pandemi hazırlığına katkıda bulunan çok yönlü bir genomik kapasite oluşturmaya yardımcı olur.