Analisi automatizzata ottimizzata della modulazione dell'omeostasi dei mitocondri neuronali vivi da parte dei recettori dell'acido retinoico isoform-specifici

La complessa rete mitocondriale rende molto difficile segmentare, seguire e analizzare le cellule vive. Gli strumenti MATLAB consentono l'analisi dei mitocondri in file timelapse, semplificando e velocizzando notevolmente il processo di elaborazione delle immagini. Ciononostante, gli strumenti esistenti producono un grande volume di output, che richiede un'attenzione manuale individuale, e le configurazioni sperimentali di base hanno un output di migliaia di file, ognuno dei quali richiede una gestione estesa e dispendiosa in termini di tempo.

Per risolvere questi problemi, è stata sviluppata un'ottimizzazione di routine, sia in codice MATLAB che in forma live-script, che consente una rapida analisi dei file e riduce significativamente la lettura e l'elaborazione dei dati. Con una velocità di 100 file/min, l'ottimizzazione consente un'analisi complessivamente rapida. L'ottimizzazione raggiunge l'output dei risultati calcolando la media dei dati specifici del frame per i singoli mitocondri in intervalli di tempo, analizzando i dati in modo definito, coerente con quelli degli strumenti esistenti. L'imaging confocale dal vivo è stato eseguito utilizzando il colorante tetrametilrodamina estere metilico e l'ottimizzazione di routine è stata convalidata trattando le cellule neuronali con agonisti del recettore dell'acido retinoico (RAR), i cui effetti sui mitocondri neuronali sono stabiliti in letteratura. I risultati sono stati coerenti con la letteratura e hanno permesso un'ulteriore caratterizzazione del comportamento della rete mitocondriale in risposta alla modulazione RAR isoforma-specifica.

Questa nuova metodologia ha permesso una caratterizzazione rapida e validata della rete mitocondriale dell'intero neurone, ma consente anche la differenziazione tra mitocondri assone e corpo cellulare, una caratteristica essenziale da applicare nel campo delle neuroscienze. Inoltre, questo protocollo può essere applicato a esperimenti che utilizzano trattamenti ad azione rapida, consentendo l'imaging delle stesse cellule prima e dopo i trattamenti, trascendendo il campo delle neuroscienze.