Alignement de données de séries chronologiques synchronisées à l’aide du modèle de synchronisation de perte de cycle cellulaire caractérisant pour les comparaisons entre expériences

L’étude du cycle cellulaire dépend souvent de la synchronisation des populations cellulaires pour mesurer divers paramètres dans une série chronologique lorsque les cellules traversent le cycle cellulaire. Cependant, même dans des conditions similaires, les expériences de répétition montrent des différences dans le temps nécessaire pour récupérer de la synchronie et traverser le cycle cellulaire, empêchant ainsi les comparaisons directes à chaque point temporel. Le problème de la comparaison des mesures dynamiques entre les expériences est exacerbé dans les populations mutantes ou dans d’autres conditions de croissance qui affectent le temps de récupération synchrone et / ou la période du cycle cellulaire.

Nous avons déjà publié un modèle mathématique paramétrique nommé Characterizing Loss of Cell Cycle Synchrony (CLOCCS) qui surveille la façon dont les populations synchrones de cellules se libèrent de la synchronie et progressent dans le cycle cellulaire. Les paramètres appris du modèle peuvent ensuite être utilisés pour convertir des points temporels expérimentaux d’expériences de séries chronologiques synchronisées en une échelle de temps normalisée (points de ligne de vie). Plutôt que de représenter le temps écoulé en minutes à partir du début de l’expérience, l’échelle de la ligne de vie représente la progression de la synchronie à l’entrée dans le cycle cellulaire, puis à travers les phases du cycle cellulaire. Étant donné que les points de survie correspondent à la phase de la cellule moyenne au sein de la population synchronisée, cette échelle de temps normalisée permet des comparaisons directes entre les expériences, y compris celles dont les périodes et les temps de récupération varient. En outre, le modèle a été utilisé pour aligner les expériences de cycle cellulaire entre différentes espèces (par exemple, Saccharomyces cerevisiae et Schizosaccharomyces pombe), permettant ainsi une comparaison directe des mesures du cycle cellulaire, ce qui peut révéler des similitudes et des différences évolutives.