Abgleich von synchronisierten Zeitreihendaten unter Verwendung des Modells zur Charakterisierung des Zellzyklusverlusts für experimentübergreifende Vergleiche

Die Untersuchung des Zellzyklus hängt oft von der Synchronisierung von Zellpopulationen ab, um verschiedene Parameter in einer Zeitreihe zu messen, während die Zellen den Zellzyklus durchlaufen. Aber auch unter ähnlichen Bedingungen zeigen Replikationsexperimente Unterschiede in der Zeit, die benötigt wird, um sich von der Synchronität zu erholen und den Zellzyklus zu durchlaufen, wodurch direkte Vergleiche zu jedem Zeitpunkt verhindert werden. Das Problem des Vergleichs dynamischer Messungen in verschiedenen Experimenten wird in mutierten Populationen oder unter alternativen Wachstumsbedingungen, die sich auf die synchrone Erholungszeit und/oder die Zellzykluszeit auswirken, noch verschärft.

Wir haben bereits ein parametrisches mathematisches Modell mit dem Namen Characterizing Loss of Cell Cycle Synchrony (CLOCCS) veröffentlicht, das überwacht, wie sich synchrone Zellpopulationen aus der Synchronität lösen und den Zellzyklus durchlaufen. Die gelernten Parameter aus dem Modell können dann verwendet werden, um experimentelle Zeitpunkte aus synchronisierten Zeitreihenexperimenten in eine normalisierte Zeitskala (Lebenslinienpunkte) umzuwandeln. Anstatt die verstrichene Zeit in Minuten seit Beginn des Experiments darzustellen, stellt die Lebenslinienskala den Verlauf von der Synchronität zum Eintritt in den Zellzyklus und dann durch die Phasen des Zellzyklus dar. Da die Lebenslinienpunkte der Phase der durchschnittlichen Zelle innerhalb der synchronisierten Population entsprechen, ermöglicht diese normalisierte Zeitskala direkte Vergleiche zwischen Experimenten, einschließlich solcher mit unterschiedlichen Zeiträumen und Erholungszeiten. Darüber hinaus wurde das Modell verwendet, um Zellzyklusexperimente zwischen verschiedenen Arten (z.B. Saccharomyces cerevisiae und Schizosaccharomyces pombe) aufeinander abzustimmen, wodurch ein direkter Vergleich von Zellzyklusmessungen ermöglicht wird, die evolutionäre Ähnlichkeiten und Unterschiede aufzeigen können.