CorrelationCalculator et Filigree : outils pour l’analyse de réseau basée sur les données métabolomiques

L’un des principaux défis de l’analyse des données omiques est l’extraction de connaissances biologiques exploitables. La métabolomique ne fait pas exception. Le problème général de la relation entre les changements dans les niveaux de métabolites individuels et des processus biologiques spécifiques est aggravé par le grand nombre de métabolites inconnus présents dans les études non ciblées de chromatographie liquide et de spectrométrie de masse (LC-MS). De plus, le métabolisme secondaire et le métabolisme des lipides sont mal représentés dans les bases de données existantes sur les voies. Pour pallier ces limitations, notre groupe a développé plusieurs outils de construction et d’analyse de réseaux basés sur les données. Il s’agit notamment de CorrelationCalculator et de Filigree. Les deux outils permettent aux utilisateurs de construire des réseaux basés sur des corrélations partielles à partir de données métabolomiques expérimentales lorsque le nombre de métabolites dépasse le nombre d’échantillons. CorrelationCalculator prend en charge la construction d’un réseau unique, tandis que Filigree permet de créer un réseau différentiel à l’aide de données provenant de deux groupes d’échantillons, suivi d’une analyse de clustering et d’enrichissement du réseau. Nous décrirons l’utilité et l’application des deux outils pour l’analyse de données métabolomiques réelles.