CorrelationCalculator と Filigree: メタボロミクスデータのデータ駆動型ネットワーク解析ツール

オミクスデータの解析における重要な課題は、実用的な生物学的知識を抽出することです。メタボロミクスも例外ではありません。個々の代謝産物のレベルの変化を特定の生物学的プロセスに関連付けるという一般的な問題は、ノンターゲット液体クロマトグラフィー質量分析(LC-MS)研究に存在する多数の未知の代謝物によって悪化します。さらに、二次代謝と脂質代謝は、既存のパスウェイデータベースでは十分に表現されていません。これらの限界を克服するために、私たちのグループでは、データ駆動型ネットワークの構築と解析のためのいくつかのツールを開発しました。これらには、CorrelationCalculator と Filigree が含まれます。どちらのツールも、代謝物の数がサンプル数を超えた場合に、実験メタボロミクスデータから部分相関ベースのネットワークを構築できます。CorrelationCalculator は 1 つのネットワークの構築をサポートしますが、Filigree では 2 つのサンプル グループからのデータを利用して差分ネットワークを構築し、その後にネットワーク クラスタリングとエンリッチメント分析を行うことができます。本稿では、実際のメタボロミクスデータを解析するための両ツールの有用性と応用について述べる。