CorrelationCalculator и филигрань: инструменты для сетевого анализа метаболомных данных на основе данных

Серьезной проблемой при анализе омиксных данных является извлечение практических биологических знаний. Метаболомика не является исключением. Общая проблема связи изменений уровней отдельных метаболитов с конкретными биологическими процессами осложняется большим количеством неизвестных метаболитов, присутствующих в исследованиях нетаргетной жидкостной хромато-масс-спектрометрии (ЖХ-МС). Кроме того, вторичный метаболизм и липидный обмен слабо представлены в существующих базах данных путей. Чтобы преодолеть эти ограничения, наша группа разработала несколько инструментов для построения и анализа сетей на основе данных. К ним относятся CorrelationCalculator и Filigree. Оба инструмента позволяют создавать сети на основе частичной корреляции на основе данных экспериментальной метаболомики, когда количество метаболитов превышает количество образцов. CorrelationCalculator поддерживает построение единой сети, в то время как Filigree позволяет построить дифференциальную сеть с использованием данных из двух групп выборок с последующей кластеризацией и обогащением сети. Мы опишем полезность и применение обоих инструментов для анализа реальных метаболомических данных.