Screening av histonmodifiering med vätskekromatografi, spektrometri för fångad jonrörlighet och masspektrometri för flygtid

Histonproteiner är mycket vanliga och bevarade bland eukaryoter och spelar en stor roll i genreglering som ett resultat av strukturer som kallas posttranslationella modifieringar (PTM). Genom att identifiera positionen och arten av varje PTM eller mönster av PTM med hänvisning till externa eller genetiska faktorer kan denna information vara statistiskt korrelerad med biologiska svar såsom DNA-transkription, replikation eller reparation. I detta arbete beskrivs ett analysprotokoll med hög kapacitet för detektion av histon-PTM från biologiska prover. Användningen av komplementär vätskekromatografi, spektrometri med fångad jonrörlighet och time-of-flight-masspektrometri (LC-TIMS-ToF MS/MS) möjliggör separation och PTM-tilldelning av de mest biologiskt relevanta modifieringarna i en enda analys. Det beskrivna tillvägagångssättet drar nytta av den senaste utvecklingen inom beroende datainsamling (DDA) med hjälp av parallell ackumulering i mobilitetsfällan, följt av sekventiell fragmentering och kollisionsinducerad dissociation. Histone PTM:er tilldelas med säkerhet baserat på deras retentionstid, rörlighet och fragmenteringsmönster.