Een eenvoudig, snel en gedeeltelijk geautomatiseerd protocol voor de isolatie van afzonderlijke kernen uit ingevroren zoogdierweefsels voor sequencing van één kern

Single-cell en single-nucleus RNA-sequencing zijn veel voorkomende laboratoriumtoepassingen geworden vanwege de schat aan transcriptomische informatie die ze bieden. Met name single-nucleus RNA-sequencing is nuttig voor het onderzoeken van genexpressie in moeilijk te dissociëren weefsels. Bovendien is deze aanpak ook compatibel met bevroren (archief)materiaal. Hier beschrijven we een protocol om hoogwaardige single nuclei uit ingevroren zoogdierweefsels te isoleren voor downstream single nucleus RNA sequencing op een gedeeltelijk geautomatiseerde manier met behulp van in de handel verkrijgbare instrumenten en reagentia. In het bijzonder wordt een robotdissociator gebruikt om weefselhomogenisatie te automatiseren en te standaardiseren, gevolgd door een geoptimaliseerde chemische gradiënt om de kernen te filteren. Ten slotte tellen we nauwkeurig en automatisch de kernen met behulp van een geautomatiseerde fluorescerende cellenteller. De prestaties van dit protocol worden aangetoond op muizenhersenen, rattennieren en cynomolguslever- en miltweefsel. Dit protocol is eenvoudig, snel en gemakkelijk aan te passen aan verschillende zoogdierweefsels zonder uitgebreide optimalisatie en biedt kernen van goede kwaliteit voor stroomafwaartse RNA-sequencing met één kern.