Un protocole simple, rapide et partiellement automatisé pour l’isolement de noyaux uniques à partir de tissus de mammifères congelés pour le séquençage d’un seul noyau

Le séquençage de l’ARN unicellulaire et mononoyau est devenu une application courante en laboratoire en raison de la richesse de l’information transcriptomique qu’il fournit. Le séquençage de l’ARN à noyau unique, en particulier, est utile pour étudier l’expression des gènes dans les tissus difficiles à dissocier. De plus, cette approche est également compatible avec les documents congelés (archives). Nous décrivons ici un protocole permettant d’isoler des noyaux uniques de haute qualité à partir de tissus de mammifères congelés pour le séquençage de l’ARN d’un seul noyau en aval de manière partiellement automatisée à l’aide d’instruments et de réactifs disponibles dans le commerce. Plus précisément, un dissociateur robotisé est utilisé pour automatiser et standardiser l’homogénéisation des tissus, suivie d’un gradient chimique optimisé pour filtrer les noyaux. Enfin, nous comptons les noyaux avec précision et automatiquement à l’aide d’un compteur automatisé de cellules fluorescentes. La performance de ce protocole est démontrée sur le cerveau de souris, les reins de rat et les tissus du foie et de la rate cynomolgus. Ce protocole est simple, rapide et facilement adaptable à divers tissus de mammifères sans nécessiter d’optimisation poussée et fournit des noyaux de bonne qualité pour le séquençage de l’ARN à noyau unique en aval.