एकल नाभिक अनुक्रमण के लिए जमे हुए स्तनधारी ऊतकों से एकल नाभिक के अलगाव के लिए एक सरल, त्वरित और आंशिक रूप से स्वचालित प्रोटोकॉल

एकल-कोशिका और एकल-नाभिक आरएनए अनुक्रमण ट्रांसक्रिप्टोमिक जानकारी के धन के कारण आम प्रयोगशाला अनुप्रयोग बन गए हैं जो वे प्रदान करते हैं। एकल नाभिक आरएनए अनुक्रमण, विशेष रूप से, मुश्किल-से-अलग ऊतकों में जीन अभिव्यक्ति की जांच के लिए उपयोगी है। इसके अलावा, यह दृष्टिकोण जमे हुए (अभिलेखीय) सामग्री के साथ भी संगत है। यहां, हम व्यावसायिक रूप से उपलब्ध उपकरणों और अभिकर्मकों का उपयोग करके आंशिक रूप से स्वचालित तरीके से डाउनस्ट्रीम एकल नाभिक आरएनए अनुक्रमण के लिए जमे हुए स्तनधारी ऊतकों से उच्च गुणवत्ता वाले एकल नाभिक को अलग करने के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन करते हैं। विशेष रूप से, एक रोबोट डिस्सोसिएटर का उपयोग ऊतक समरूपीकरण को स्वचालित और मानकीकृत करने के लिए किया जाता है, इसके बाद नाभिक को फ़िल्टर करने के लिए एक अनुकूलित रासायनिक ढाल होता है। अंत में, हम एक स्वचालित फ्लोरोसेंट सेल काउंटर का उपयोग करके नाभिक को सटीक और स्वचालित रूप से गिनते हैं। इस प्रोटोकॉल का प्रदर्शन माउस मस्तिष्क, चूहे के गुर्दे और साइनोमोलगस यकृत और प्लीहा ऊतक पर प्रदर्शित किया जाता है। यह प्रोटोकॉल व्यापक अनुकूलन की आवश्यकता के बिना विभिन्न स्तनधारी ऊतकों के लिए सरल, तेज़ और आसानी से अनुकूलनीय है और डाउनस्ट्रीम एकल नाभिक आरएनए अनुक्रमण के लिए अच्छी गुणवत्ता वाले नाभिक प्रदान करता है।