En enkel, rask og delvis automatisert protokoll for isolering av enkeltkjerner fra frosne pattedyrvev for sekvensering av enkeltkjerner

Enkeltcelle- og enkeltkjerne-RNA-sekvensering har blitt vanlige laboratorieapplikasjoner på grunn av det vell av transkriptomisk informasjon de gir. Enkelt kjerne RNA-sekvensering, spesielt, er nyttig for å undersøke genuttrykk i vanskelig å dissosiere vev. Videre er denne tilnærmingen også kompatibel med frosset (arkiv) materiale. Her beskriver vi en protokoll for å isolere enkeltkjerner av høy kvalitet fra frosne pattedyrvev for nedstrøms enkelt kjerne-RNA-sekvensering på en delvis automatisert måte ved bruk av kommersielt tilgjengelige instrumenter og reagenser. Spesielt brukes en robotdissosiator til å automatisere og standardisere vevshomogenisering, etterfulgt av en optimalisert kjemisk gradient for å filtrere kjernene. Til slutt teller vi nøyaktig og automatisk kjernene ved hjelp av en automatisert fluorescerende celleteller. Ytelsen til denne protokollen er demonstrert på musehjerne, rottenyre og cynomolguslever og miltvev. Denne protokollen er enkel, rask og lett tilpasningsdyktig til forskjellige pattedyrvev uten å kreve omfattende optimalisering og gir kjerner av god kvalitet for nedstrøms enkeltkjerner RNA-sekvensering.