Простой, быстрый и частично автоматизированный протокол выделения одиночных ядер из замороженных тканей млекопитающих для секвенирования одного ядра

Секвенирование одноклеточной и одноядерной РНК стало распространенным лабораторным применением из-за большого количества транскриптомного информации, которую они предоставляют. Секвенирование одноядерной РНК, в частности, полезно для изучения экспрессии генов в трудно диссоциированных тканях. Кроме того, этот подход совместим и с замороженными (архивными) материалами. В данной статье мы опишем протокол выделения высококачественных одиночных ядер из замороженных тканей млекопитающих для последующего секвенирования одноядерной РНК частично автоматизированным способом с использованием коммерчески доступных инструментов и реагентов. В частности, роботизированный диссоциатор используется для автоматизации и стандартизации гомогенизации тканей с последующим оптимизированным химическим градиентом для фильтрации ядер. Наконец, мы точно и автоматически подсчитываем ядра с помощью автоматического счетчика флуоресцентных клеток. Эффективность этого протокола демонстрируется на мозге мыши, почках крыс, а также на ткани печени и селезенки циномолгуса. Этот протокол прост, быстр и легко адаптируется к различным тканям млекопитающих, не требуя обширной оптимизации, и обеспечивает хорошее качество ядер для последующего секвенирования одноядерной РНК.