Ett enkelt, snabbt och delvis automatiserat protokoll för isolering av enskilda kärnor från frysta däggdjursvävnader för sekvensering av enstaka kärnor

RNA-sekvensering med en cell och en kärna har blivit vanliga laboratorietillämpningar på grund av den rikedom av transkriptomisk information som de tillhandahåller. Sekvensering med en enda kärna av RNA är särskilt användbar för att undersöka genuttryck i vävnader som är svåra att separera. Dessutom är detta tillvägagångssätt också kompatibelt med fryst (arkiv) material. Här beskriver vi ett protokoll för att isolera högkvalitativa enstaka kärnor från frysta däggdjursvävnader för nedströms enkelkärnig RNA-sekvensering på ett delvis automatiserat sätt med hjälp av kommersiellt tillgängliga instrument och reagenser. Specifikt används en robotdissociator för att automatisera och standardisera vävnadshomogenisering, följt av en optimerad kemisk gradient för att filtrera kärnorna. Slutligen räknar vi noggrant och automatiskt kärnorna med hjälp av en automatiserad fluorescerande cellräknare. Prestandan för detta protokoll demonstreras på mushjärna, råttnjure och cynomolgus lever- och mjältvävnad. Detta protokoll är enkelt, snabbt och lätt anpassningsbart till olika däggdjursvävnader utan att kräva omfattande optimering och ger kärnor av god kvalitet för nedströms RNA-sekvensering med enstaka kärnor.