A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Здесь мы представляем протокол, демонстрирующий установку и использование биоинформатического конвейера для анализа данных секвенирования химерной РНК, используемых при изучении взаимодействий РНК:РНК in vivo .
Понимание регуляторных взаимодействий генов in vivo малых некодирующих РНК (sncRNAs), таких как микроРНК (miRNAs), с их РНК-мишенями было продвинуто в последние годы благодаря биохимическим подходам, которые используют кросс-линкинг с последующим лигированием для захвата взаимодействий sncRNA:целевая РНК путем образования химерных РНК и последующих библиотек секвенирования. В то время как наборы данных, полученные при секвенировании химерной РНК, предоставляют полногеномные и значительно менее неоднозначные входные данные, чем программное обеспечение для прогнозирования микроРНК, преобразование этих данных в значимую и полезную информацию требует дополнительного анализа и может отпугнуть исследователей, не имеющих вычислительной подготовки. Этот отчет представляет собой учебное пособие для специалистов по вычислительной биологии начального уровня в установке и применении новейшего программного инструмента с открытым исходным кодом: Small Chimeric RNA Analysis Pipeline (SCRAP). Приведены требования к платформе, обновления, а также объяснение этапов конвейера и манипуляций с ключевыми переменными, вводимыми пользователем. Снижение барьера для биологов в получении информации от химерных подходов к секвенированию РНК может дать толчок к исследованиям регуляторных взаимодействий sncRNA:РНК-мишени в различных биологических контекстах, основанных на открытиях.
Малые некодирующие РНК хорошо изучены на предмет их посттранскрипционной роли в координации экспрессии наборов генов в различных процессах, таких как дифференцировка и развитие, обработка сигналов и заболевания 1,2,3. Способность точно определять целевые транскрипты геннорегуляторных малых некодирующих РНК (sncRNAs), включая микроРНК (miRNAs), имеет важное значение для изучения биологии РНК как на базовом, так и на трансляционном уровнях. Биоинформатические алгоритмы, использующие ожидаемую комплементарность между семенной последовательностью микроРНК и ее потенциальными мише....
ПРИМЕЧАНИЕ: Протокол начнется с загрузки и установки программного обеспечения, необходимого для анализа библиотек секвенирования химерной РНК с помощью SCRAP.
1. Установка
Результаты для sncRNA:target RNA, обнаруженной модифицированной версией SCRAP (SCRAP release 2.0, в которой реализованы модификации для фильтрации рРНК) на ранее опубликованных наборах данных секвенирования, подготовленных с использованием CLEAR-CLIP9 , показаны на рисунке 2 и
Этот протокол по использованию конвейера SCRAP для анализа взаимодействий sncRNA:РНК-мишени предназначен для помощи исследователям, которые приступают к вычислительному анализу. Ожидается, что по завершении учебного пособия исследователи с опытом вычислений начального уровня или выше пр?.......
Мы благодарим сотрудников лаборатории Мефферта за полезные обсуждения, в том числе Б.Х. Пауэлла и У.Т. Миллса IV, за критические отзывы об описании установки и реализации трубопровода. Эта работа была поддержана премией Фонда Брауде, программой запуска Фонда исследований стволовых клеток штата Мэриленд, премией Фонда Блаустейна за исследования и образование в области боли, а также RO1MH129292 NINDS RO1NS103974 и NIMH для M.K.M.
....Name | Company | Catalog Number | Comments |
Genomes | UCSC Genome browser | N/A | https://genome.ucsc.edu/ or https://www.ncbi.nlm.nih.gov/data-hub/genome/ |
Linux | Linux | Ubuntu 20.04 or 22.04 LTS recommended | |
Mac | Apple | Mac OSX (>11) | |
Platform setup | GitHub | N/A | https://github.com/Meffert-Lab/SCRAP/blob/main/PLATFORM-SETUP.md] |
SCRAP pipeline | GitHub | N/A | https://github.com/Meffert-Lab/SCRAP |
Unix shell | Unix operating system | bash >=5.0 | |
Unix shell | Unix operating system | zsh (5.9 recommended) | |
Windows | Windows | WSL Ubuntu 20.04 or 22.04 LTS |
This article has been published
Video Coming Soon
ABOUT JoVE
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved