Este protocolo descreve a aplicação de um pseudovirus híbrido novo alphavirus-SARS-CoV-2 (Ha-CoV-2) como uma plataforma para a quantificação rápida da infecciosidade das variantes SARS-CoV-2 e sua sensibilidade aos anticorpos neutralizantes.
A pandemia da doença 2019 do coronavirus (COVID-19) destacou a necessidade de ensaios rápidos para medir com precisão a infectividade das variantes emergentes do SARS-CoV-2 e a eficácia dos anticorpos neutralizantes induzidos pela vacina contra variantes virais. Esses ensaios são essenciais para a vigilância da pandemia e validação de vacinas e reforços específicos de variantes. Este manuscrito demonstra a aplicação de um pseudovirus alfavirus-SARS-CoV-2 híbrido novo (Ha-CoV-2) para a quantificação rápida da infectividade da variante SARS-CoV-2 e anticorpos neutralizantes vacina-induzidos às variantes virais. Ha-CoV-2 é uma partícula semelhante ao vírus SARS-CoV-2 que consiste em proteínas estruturais virais (S, M, N e E) e um genoma de RNA de expressão rápida derivado de um alfavírus, Semliki Forest Virus (SFV). O Ha-CoV-2 também contém proteína fluorescente verde (GFP) e genes repórteres de luciferase que permitem a quantificação rápida da infectividade viral. Como exemplo, a infectividade das variantes Delta do SARS-CoV-2 (B.1.617.2) e Omicron (B.1.1.529) são quantificadas, e suas sensibilidades a um anticorpo neutralizante (27VB) também são medidas. Esses exemplos demonstram o grande potencial do Ha-CoV-2 como uma plataforma robusta para a quantificação rápida de variantes do SARS-CoV-2 e sua suscetibilidade a anticorpos neutralizantes.
Até maio de 2023, já foram mais de 766 milhões de casos de COVID-191. Apesar das campanhas mundiais de vacinação, o SARS-CoV-2 circula e infecta continuamente as pessoas, em grande parte devido ao surgimento de novas variantes como Delta (B.1.617.2) e Omicron (B.1.1.529), que impulsionam novas ondas de infecção 2,3,4. Dado que o SARS-CoV-2 está em constante evolução, é importante desenvolver ensaios rápidos que possam medir com precisão a infectividade de variantes emergentes e a eficácia dos anticorpos neutralizantes induzidos pela vacina contra essas variantes. Esses ensaios são essenciais para a vigilância da pandemia e para determinar a eficácia das vacinas e seus reforços específicos de variantes.
Devido à natureza altamente contagiosa do SARS-CoV-2, o Centro de Controle e Prevenção de Doenças (CDC) exige que o estudo do SARS-CoV-2 e suas variantes seja conduzido em instalações de nível de biossegurança (BSL) 3 5,6. Este requisito BSL-3 limita o uso de vírus vivos para quantificar a infectividade de variantes virais e seus anticorpos neutralizantes em pesquisas comuns e laboratórios clínicos. Além disso, os ensaios tradicionais de neutralização do SARS-CoV-2, tais como os ensaios baseados no efeito da placa ou do cytopathic usando vírus vivos competentes da replicação, são demorados e requerem longos períodos de incubação7. Vários pseudovírus SARS-CoV-2 pseudotipados com proteína spike (S) foram desenvolvidos para quantificar a eficácia de anticorpos neutralizantes 8,9,10,11,12. No SARS-CoV-2, a proteína S é a proteína principal que medeia a entrada viral13, e é o antígeno principal usado em vacinas SARS-CoV-2 9,10,14,15,16. Os virions pseudotipados da proteína S, como os do vírus da estomatite vesicular (VSV-G) ou lentivírus, têm sido utilizados para a quantificação de anticorpos neutralizantes 17,18,19. No entanto, o pseudovírus baseado em lentivírus normalmente requer 2 a 3 dias de infecção para quantificar os sinais do repórter. Sistemas pseudovírus baseados em VSV geralmente contêm vírus VSV residuais, que podem resultar em altas taxas de resultados falso-positivos e tipicamente requerem 24 h de infecção20.
Um novo sistema de pseudovírus SARS-CoV-2, o pseudovírus híbrido alphavirus-SARS-CoV-2 (Ha-CoV-2), foi recentemente desenvolvido por Hetrick et al12. O Ha-CoV-2 fornece uma nova ferramenta para a quantificação rápida da infectividade do vírus e da sensibilidade do vírus a anticorpos neutralizantes em laboratórios BSL-2 comuns. Estruturalmente, o Ha-CoV-2 se assemelha à partícula do virion do SARS-CoV-2, consistindo de proteínas estruturais do SARS-CoV-2, incluindo a proteína S (S), a membrana (M), o nucleocapsid (N) e o envelope (E), e não há nenhuma proteína estrutural de outros vírus. Além disso, a partícula Ha-CoV-2 contém um genoma de RNA de expressão rápida de um alfavírus para rápida expressão em células. Foi demonstrado que o Ha-CoV-2 mede rapidamente a atividade neutralizante de anticorpos no soro de indivíduos vacinados e convalescentes12. Como demonstrado por Hetrick et al., quando comparado com o pseudovírus SARS-CoV-2 baseado em lentivírus em um ensaio do curso do tempo, Ha-CoV-2 expressou o repórter de Luc tão cedo quanto 2-4 h pós-infecção, enquanto o pseudovirus do lentivirus expressou Luc após 24 h12. Além disso, a aplicação potencial de variantes do Ha-CoV-2 para quantificar anticorpos neutralizantes é demonstrada com o uso de um anticorpo neutralizante monoclonal padrão, o 27BV (ver Figura Suplementar 1)12. Este trabalho detalha o uso da plataforma Ha-CoV-2 para quantificação rápida da infectividade das variantes do SARS-CoV-2, usando as variantes Delta (B.1.617.2) e Omicron (B.1.1.529) como exemplos. Além disso, a aplicação potencial de variantes de Ha-CoV-2 para quantificar anticorpos neutralizantes é ainda demonstrada usando um anticorpo neutralizante monoclonal padrão, 27BV12.
1. Montagem de vírus e partículas virais
2. Ensaio de infectividade viral
3. Extração de RNA de Ha-CoV-2 e PCR quantitativo de transcriptase reversa (RT-qPCR)
4. Ensaio de anticorpos neutralizantes
5. Quantificação e análise estatística
As partículas de Ha-CoV-2 foram montadas usando cinco vetores de DNA diferentes que expressam o genoma do RNA do Ha-CoV-2 e as proteínas estruturais (M, N, E e S) do SARS-CoV-2 em células HEK293T. O vetor da proteína S varia dependendo da variante S. A proteína S da cepa original Ha-CoV-2 de Wuhan (Wild-type, Wt) foi usada como controle positivo, e foi montada junto com a proteína S de cada uma das outras duas variantes: a Delta (B.1.617.2) ou a Omicron (B.1.1.529). Os mesmos M, N, E foram usados em todas as variantes. Ha-CoV-2(Wt) e partículas variantes foram coletadas 48 h após a cotransfecção e usadas para infectar células HEK293T(ACE2/TMPRSS2). A infectividade foi medida pela expressão de luciferase 18 h após a infecção. Nesse sistema, níveis mais elevados de expressão do sinal da luciferase refletem uma maior infecção de células por Ha-CoV-2. O sinal da luciferase foi normalizado com cópias de RNA genômico por RT-qPCR para cada variante. Como mostrado na Figura 1, a variante Ha-CoV-2 Omicron gerou sinal 4 a 10 vezes maior do que o Ha-CoV-2 original (Wt), sugerindo uma maior infectividade.
Além disso, a capacidade do 27BV de neutralizar as variantes HaCoV-2(Wt), Delta e Omicron foi quantificada. 27BV é um anticorpo monoclonal do coelho que foi desenvolvido contra o domínio RBD da proteína SARS-COV-2 S1. Para os ensaios de neutralização, diluições seriadas de 27BV foram realizadas em uma placa de 96 poços, pré-incubada com Ha-CoV-2 e, em seguida, adicionadas às células-alvo de HEK293T(ACE2/TMPRSS2). Os resultados demonstraram que o 27BV apresentou atividade neutralizante contra todas as variantes testadas (Figura 2). Curiosamente, o ID50 de 27VB para Omicron foi aproximadamente 10 vezes menos potente do que o ID50 para Ha-CoV-2(WT) e Ha-CoV-2(Delta; Gráfico 2). Esses resultados demonstram que a plataforma Ha-COV-2 pode ser usada como um método rápido para quantificar anticorpos neutralizantes induzidos por vacinas em variantes emergentes.
Gráfico 1. Montagem e quantificação de variantes do Ha-CoV-2. (A) Ilustração da montagem do Ha-CoV-2 e partículas variantes. Os vetores que expressam o genoma do repórter Ha-CoV-2 e as proteínas estruturais (M, S, N e E) são cotransfectados em células HEK293T. As partículas foram colhidas 48 h após a cotransfecção (a imagem da partícula do virion e as células HEK293T foram criadas com Biorender.com). (B) Quantificação da infectividade das variantes do Ha-CoV-2. A infectividade relativa das duas variantes (Delta e Omicron) é quantificada e normalizada usando cópias de RNA genômico de variantes individuais do Ha-CoV-2 (Luc). O tipo selvagem é o Ha-COV-2 (Wt), que é usado como um controle para comparação. Os ensaios de infecção e luciferase foram realizados 3x. UR, unidade relativa. A média e o desvio padrão (DP) são mostrados. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Gráfico 2. Quantificação da atividade de neutralização do 27BV contra variantes do Ha-CoV-2(Luc) A atividade de neutralização do 27BV foi analisada 18 h após a infecção de células HEK293T(ACE2/TMPRSS2). O ID50 foi calculado usando a taxa de infecção relativa (atividade da luciferase) versus a concentração de 27BV. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Gráfico 3. Infecção de HEK293T(ACE2/TMPRSS2) com Ha-CoV-2(GFP). Partículas de Ha-CoV-2 (GFP) foram montadas e usadas para infectar células HEK293T(ACE2/TMPRSS2). A expressão de GFP foi observada 48 h após a infecção usando microscopia fluorescente. O campo branco das células infectadas é mostrado à esquerda, e a imagem da GFP é mostrada à direita. A barra branca representa 100 μm. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura suplementar 1. Resumo Gráfico. A estrutura e aplicação do pseudovírus Ha-CoV-2. Imagem criada com Biorender.com. Clique aqui para baixar este arquivo.
Arquivo Suplementar 1. Sequências de Proteínas. Lista das sequências das proteínas S, M, N e E do SARS-CoV-2. As sequências da proteína S também incluem as variantes do SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) e Delta (B.1.617.2). Clique aqui para baixar este arquivo.
A plataforma Ha-CoV-2 fornece um fluxo de trabalho rápido, robusto e simples para quantificar variantes virais e neutralizar anticorpos. No entanto, existem algumas etapas críticas que precisam de atenção. A produção do pseudovírus Ha-CoV-2 deve ser realizada utilizando células HEK293T com alta viabilidade. A eficiência da cotransfecção pode ser monitorada 24 h após a transfecção usando o gene repórter GFP do genoma do Ha-CoV-2. O genoma do Ha-CoV-2 pode conter dois repórteres (GFP e Luc), e a GFP pode ser expressa durante a cotransfecção e após a infecção por Ha-CoV-2 de células-alvo12. As células GFP+ da infecção estão normalmente em uma porcentagem baixa (1% a 5%), mas cada célula infectada expressa fortes sinais de GFP (Figura 3). Essa baixa porcentagem de GFP pode limitar o uso de GFP como uma leitura robusta para quantificar a neutralização de anticorpos, em comparação com o repórter Luc, que quantifica toda a população de células infectadas.
Ao realizar o ensaio de neutralização, é essencial trocar as pontas da pipeta entre as transferências de poço e garantir que o meio livre de anticorpos e soro sejam misturados completamente para produzir resultados precisos. Além disso, ao conduzir o protocolo de ensaio de luciferase, as células devem ser totalmente lisadas por pelo menos 3 min para garantir a lise completa das células e a liberação da enzima luciferase. Isso garantirá a precisão do ensaio. Além disso, uma vez que a solução de ensaio de luciferase Firefly é adicionada às placas ópticas de 96 poços de paredes brancas, a placa deve ser analisada dentro de 10 min, pois a emissão inicial de luz é alta, mas diminui com o tempo à medida que o ATP é esgotado21.
À medida que mais variantes do SARS-CoV-2 continuam a evoluir, há uma necessidade maior de plataformas como o Ha-CoV-2 para rastrear rapidamente a infectividade da variante e a sensibilidade da variante aos anticorpos neutralizantes induzidos pela vacina. A plataforma Ha-CoV-2 oferece velocidade mais rápida, maior relação sinal-ruído e um protocolo simples em comparação com os ensaios de neutralização baseados em pseudovírus existentes 8,9,10,11. A plataforma Ha-CoV-2 também oferece a vantagem de poder ser usada em laboratórios BSL-2 e não requer o uso de instalações BSL-3. Isso permite que a pesquisa do SARS-CoV-2 seja realizada em laboratórios clínicos e de pesquisa comuns. Além disso, a plataforma Ha-CoV-2 produz resultados rápidos em comparação com outros sistemas. Por exemplo, o estudo de anticorpos neutralizantes contra o vírus SARS-CoV-2 infeccioso frequentemente faz uso do teste de neutralização de redução de placa (PRINT)22. Embora o PRINT produza resultados confiáveis, a contagem manual de unidades formadoras de placas (UFP) é lenta e requer de 3 a 5 dias para obter os resultados23,24. Outros sistemas de pseudotipos, como o lentivírus-pseudovírus, necessitam de 24-72 h para produzir um sinal de repórter detectável12. Em comparação, o ensaio de neutralização do Ha-CoV-2 pode gerar resultados em 18 h. O Ha-CoV-2 fornece uma ferramenta conveniente para triagem rápida e quantificação de variantes virais e anticorpos neutralizantes para monitoramento de pandemias.
O monitoramento da infectividade do SARS-CoV-2 é essencial à medida que mais variantes de preocupação (VOCs) continuam a surgir. O Ha-CoV-2 oferece a vantagem de determinar rapidamente a infectividade dos VOCs. Estudos anteriores usaram modelagem baseada em inteligência artificial (IA) para analisar quantitativamente a infectividade da subvariante Omicron e de outras variantes do SARS-CoV-2, como a variante Delta25. Esses estudos mostraram que a variante Omicron é mais contagiosa do que o vírus original e mais propensa a escapar de anticorpos neutralizantes25. Nesses estudos, utilizando Ha-CoV-2, fenótipos semelhantes foram observados. Além disso, nos ensaios de neutralização de anticorpos, a variante Omicron tem dez vezes menos probabilidade de ser neutralizada por 27BV do que as cepas de Wuhan e Delta. Esses resultados também são consistentes com a maior transmissibilidade relatada da variante Omicron, que tem pelo menos 15 mutações em seu domínio de ligação ao receptor (RBD), provavelmente aumentando a afinidade de ligação viral ao receptor ACE2 para maior transmissibilidade e maior escape imunológico26.
Este trabalho foi apoiado pelo fundo de pesquisa interno da George Mason University.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
27VB1 20 µg SARS-CoV-2 Standard Neutralizing Antibody | Virongy Biosciences | 27VBI-01 | |
500 mL - US Origin FBS | Neuromics | FBS001 | |
AB Mixing Plate: Olympus 96-Well PCR Plate, Non-Skirted UltraThin Wall, Natural, 25 Plates/Unit | Genesee Scientific | Cat# 24-300 | |
Allegra 6R Centrifuge | Beckman Coulter | 2043-30-1158 | |
DMEM (1x) | ThermoFisher | 11995-073 | |
GenClone 25-209, TC Treated Flasks, 250ml, Vent Growth Area: 75.0cm2, 5 per Sleeve, 100 Flasks/Unit | Genesee Scientfic | 25-209 | |
GlowMax Discover Microplate reader | Promega | GM3000 | |
Ha-CoV-2 E Vector | Virongy Biosciences | pCoV2_E | |
Ha-CoV-2 M Vector | Virongy Biosciences | pCoV2_M | |
Ha-CoV-2 N Vector | Virongy Biosciences | pCoV2_N | |
Ha-CoV-2 WT S Vector | Virongy Biosciences | pCoV2_WT S | |
Hek293T cells | ATCC | CRL-3214 | |
Illumination Firefly Luciferase Enhanced Assay Kit 1000 assays | Gold Bio | I-930-1000 | |
Infection Plate: 96-Well Tissue Culture Plate, Greiner Bio-One (With Lid, μClear White Flat Round, Chimney) | VWR | Cat# 82050-758 | |
pAlphaPro-Luc-GFP-PreΨ (Ha-CoV-2 Genome) Vector | In house | ||
PEI-based Transfection Reagent | Virongy Biosciences | Transfectin | |
Penicillin-Streptomycin-Glutamine (100X) | Invitrogen | 10378016 | |
Polyethylenimine, branched | Millipore Sigma | 408727-100ML | |
QuantStudio 7 Pro Real-Time PCR System | ThermoFisher | A43163 | |
Ready to use (HEK293T)(ACE2/TMPRSS2) Cells | Virongy Biosciences | Ready-To-Use-Cells | |
SARS-CoV-2 S Omicron (B.1.1.529) Vector | Virongy Biosciences | pCoV2-B.1.1.529 | |
SARS-CoV-2 S Delta (B.1.617.2) Vector | Virongy Biosciences | pCoV2- B.1.617.2 | |
Syringe Filters, PES, 0.22µm | Genesee Scientfic | 25-244 | |
TaqMan Fast Virus 1-Step Master Mix | ThermoFisher | 4444432 | |
Trypan Blue Solution, 0.4% | ThermoFisher | 15250061 |
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