Bereiding van een eencellige suspensie uit halsslagaders van muizen voor eencellige sequencing

Halsslagaders zijn belangrijke bloedvaten in de nek die bloed en zuurstof naar de hersenen voeren, maar halsslagaderstenose treedt op wanneer halsslagaders verstopt zijn door plaque. Het onthullen van de cellulaire samenstelling van de halsslagader op het niveau van één cel is essentieel voor de behandeling van atherosclerose van de halsslagader. Er is echter geen kant-en-klaar protocol voor de bereiding van eencellige suspensies uit halsslagaders. Om een geschikt protocol te verkrijgen voor de dissociatie van normale halsslagaders op het niveau van één cel met minder schade aan cellen, ontwierpen we een verteringsmethode in twee stappen door het verteringsproces van collagenase/DNase en trypsine te integreren. Acridine oranje/propidiumjodide (AO/PI) dubbele fluorescentietelling werd gebruikt om de levensvatbaarheid en concentratie van cellen te detecteren, en er werd vastgesteld dat de eencellige suspensie voldeed aan de vereisten voor sequencing van één cel, met een levensvatbaarheid van cellen van meer dan 85% en een hoge celconcentratie. Na verwerking van gegevens met één cel werd een mediaan van ~2500 transcripten per cel gedetecteerd in elke cel van de halsslagader. Met name een verscheidenheid aan celtypen van de normale halsslagader, waaronder vasculaire gladde spiercellen (VSMC's), fibroblasten, endotheelcellen (EC's) en macrofagen en dendritische cellen (Mφ/DC's), waren gelijktijdig detecteerbaar. Dit protocol kan worden toegepast om een eencellige suspensie van bloedvaten uit andere weefsels te bereiden met de nodige aanpassingen.