A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
יצירת תצוגת ויסות התמלול של תכונות תמלול למשימת חיזוי וזיהוי סמנים ביולוגיים כהים במערכי נתונים קטנים
In This Article
Summary
כאן, אנו מציגים פרוטוקול להמרת נתוני שעתוק לתצוגת mqTrans, המאפשר זיהוי של סמנים ביולוגיים כהים. בעוד שסמנים ביולוגיים אלה אינם באים לידי ביטוי באופן דיפרנציאלי בניתוחי שעתוק קונבנציונליים, הם מציגים ביטוי דיפרנציאלי בתצוגת mqTrans. הגישה משמשת כטכניקה משלימה לשיטות מסורתיות, וחושפת סמנים ביולוגיים שבעבר התעלמו מהם.
Abstract
שעתוק מייצג את רמות הביטוי של גנים רבים בדגימה ונמצא בשימוש נרחב במחקר ביולוגי ובפרקטיקה קלינית. החוקרים התמקדו בדרך כלל בסמנים ביולוגיים שעתוק עם ייצוגים דיפרנציאליים בין קבוצת פנוטיפ לקבוצת ביקורת של דגימות. מחקר זה הציג מסגרת למידה מרובת משימות של רשת גרף-קשב (GAT) כדי ללמוד את האינטראקציות הבין-גניות המורכבות של דגימות הייחוס. מודל ייחוס מדגים הוכשר מראש על הדגימות הבריאות (HealthModel), אשר ניתן להשתמש בו ישירות כדי ליצור את תצוגת ויסות השעתוק הכמותי מבוסס המודל (mqTrans) של תעתיקי הבדיקה הבלתי תלויים. תצוגת mqTrans שנוצרה של תעתיקים הודגמה על ידי משימות חיזוי וזיהוי סמנים ביולוגיים כהים. המונח שנטבע "סמן ביולוגי כהה" נבע מהגדרתו כי סמן ביולוגי כהה הראה ייצוג דיפרנציאלי בתצוגת mqTrans אך לא ביטוי דיפרנציאלי ברמת הביטוי המקורית שלו. סמן ביולוגי כהה תמיד התעלם במחקרים מסורתיים לזיהוי סמנים ביולוגיים בשל היעדר ביטוי דיפרנציאלי. ניתן להוריד את קוד המקור ואת המדריך של הצינור HealthModelPipe מ http://www.healthinformaticslab.org/supp/resources.php.
Introduction
שעתוק מורכב מהביטויים של כל הגנים בדגימה ועשוי להיות פרופיל על ידי טכנולוגיות תפוקה גבוהה כמו microarray ו- RNA-seq1. רמות הביטוי של גן אחד במערך נתונים נקראות תכונת שעתוק (transcriptomic feature), והייצוג הדיפרנציאלי של תכונת שעתוק בין קבוצת הפנוטיפ וקבוצת הביקורת מגדיר גן זה כסמן ביולוגי של פנוטיפזה 2,3. סמנים ביולוגיים שעתוק שימשו באופן נרחב בחקירות של אבחון מחלות4, מנגנון ביולוגי5, וניתוח הישרדות 6,7 וכו '.
דפוסי הפעילות הגנטית ....
Protocol
הערה: הפרוטוקול הבא מתאר את הפרטים של הפרוצדורה האנליטית של אינפורמטיקה ופקודות Python של המודולים העיקריים. איור 2 ממחיש את שלושת השלבים העיקריים באמצעות פקודות לדוגמה המשמשות בפרוטוקול זה, ומתייחס לעבודות שפורסמו בעבר26,38 לקבלת פרטים טכניים .......
Representative Results
הערכת תצוגת mqTrans של מערך הנתונים התמלול
קוד הבדיקה משתמש באחד עשר אלגוריתמים לבחירת תכונות (FS) ובשבעה מסווגים כדי להעריך כיצד תצוגת mqTrans שנוצרה של מערך הנתונים התעתיק תורמת למשימת הסיווג (איור 6). מערך הנתונים של הבדיקה כולל 317 אדנוקרצינומה של המעי הגס (COAD) מתוך מסד.......
Discussion
סעיף 2 (השתמש ב- HealthModel שהוכשר מראש כדי ליצור את תכונות mqTrans) של הפרוטוקול הוא השלב הקריטי ביותר בפרוטוקול זה. לאחר הכנת סביבת העבודה החישובית בסעיף 1, סעיף 2 יוצר את תצוגת mqTrans של ערכת נתונים תעתיק המבוססת על מודל הייחוס הגדול שהוכשר מראש. סעיף 3 הוא דוגמה מדגימה לבחירת תכונות mqTrans שנוצרו עבור ז.......
Disclosures
למחברים אין מה לחשוף.
Acknowledgements
עבודה זו נתמכה על ידי צוות החדשנות הטכנולוגית הבכיר והזוטר (20210509055RQ), פרויקטי המדע והטכנולוגיה המחוזיים של גוויג'ואו (ZK2023-297), קרן המדע והטכנולוגיה של ועדת הבריאות של מחוז גוויג'ואו (gzwkj2023-565), פרויקט המדע והטכנולוגיה של מחלקת החינוך של מחוז ג'ילין (JJKH20220245KJ ו- JJKH20220226SK), הקרן הלאומית למדעי הטבע של סין (U19A2061), מעבדת המפתח המחוזית של ג'ילין למחשוב חכם של ביג דאטה (20180622002JC), וקרנות המחקר הבסיסיות של האוניברסיטאות המרכזיות, JLU. אנו מביעים את הערכתנו הכנה לעורך הביקורת ולשלושת הסוקרים האנונימיים על ביקורתם הבונה, אשר סייעו בשיפור משמעותי של ההקפדה והבהירות של פרוטוקול זה.
....Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Anaconda | Anaconda | version 2020.11 | Python programming platform |
| Computer | N/A | N/A | Any general-purpose computers satisfy the requirement |
| GPU card | N/A | N/A | Any general-purpose GPU cards with the CUDA computing library |
| pytorch | Pytorch | version 1.13.1 | Software |
| torch-geometric | Pytorch | version 2.2.0 | Software |
References
- Mutz, K. -. O., Heilkenbrinker, A., Lönne, M., Walter, J. -. G., Stahl, F. Transcriptome analysis using next-generation sequencing. Curr Opin in Biotechnol. 24 (1), 22-30 (2013).
- Meng, G., Tang, W., Huang, E., Li, Z., Feng, H.
Reprints and Permissions
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request PermissionExplore More Articles
This article has been published
Video Coming Soon
ABOUT JoVE
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved